72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3896 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3896  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  100 
 
 		 169 aa  348  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2210  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  50.98 
 
 		 159 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0326  ring hydroxylating beta subunit  47.62 
 
 		 166 aa  153  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5080  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  50.32 
 
 		 167 aa  151  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.218107 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3524  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  47.74 
 
 		 167 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0527056 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2497  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  47.74 
 
 		 166 aa  147  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0182458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3902  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  47.74 
 
 		 166 aa  147  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3618  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  47.74 
 
 		 166 aa  147  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.291454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5354  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  47.74 
 
 		 167 aa  147  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0204089  normal  0.785478 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3813  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  48.39 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2157  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  45.45 
 
 		 166 aa  142  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2104  putative aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  44.16 
 
 		 166 aa  142  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0743  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  44.81 
 
 		 171 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1827  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  44.44 
 
 		 160 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.475727  normal  0.661206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4189  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  41.22 
 
 		 160 aa  120  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0692425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1875  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  34.25 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5383  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  32.85 
 
 		 162 aa  72  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7072  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  32.45 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00762065  normal  0.538573 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4072  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  28.99 
 
 		 171 aa  68.2  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161007  normal  0.827425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1503  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  30.87 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.223026  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2897  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  29.82 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.367264  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1681  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  33.33 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1344  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.74 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0827  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  29.25 
 
 		 196 aa  63.9  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0728938  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2678  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  29.76 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3555  p-cumate dioxygenase small subunit (CmtAc)  29.24 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0559586  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1494  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  30.13 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37550  putative ring-hydroxylating dioxygenase small subunit  26.54 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0448308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2669  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  32.41 
 
 		 154 aa  57.4  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1532  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  28.77 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.014275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0637  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit  29.6 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32100  toluate 1,2-dioxygenase beta subunit  31.88 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3236  putative dioxygenase beta subunit  28.03 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.665811  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2369  benzoate 1,2-dioxygenase, small subunit  31.54 
 
 		 163 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.714007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2687  benzoate 1,2-dioxygenase, small subunit  28.26 
 
 		 161 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2553  benzoate 1,2-dioxygenase  28.26 
 
 		 161 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2709  benzoate 1,2-dioxygenase, small subunit  28.26 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.135302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1994  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  26.71 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.605287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2720  toluate 1,2-dioxygenase subunit beta  30.43 
 
 		 162 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230068  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1325  benzoate 1,2-dioxygenase, small subunit  32.84 
 
 		 163 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2322  2-chlorobenzoate 1,2-dioxygenase  28.26 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3162  benzoate dioxygenase, beta subunit  27.54 
 
 		 161 aa  47.4  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.391126  normal  0.421073 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4175  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  24.16 
 
 		 160 aa  47.4  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00253481  normal  0.0237067 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0889  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  28.08 
 
 		 176 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.93204  normal  0.763516 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5351  benzoate 1,2-dioxygenase, small subunit  29.38 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.449745 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5449  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.57 
 
 		 185 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5648  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1757  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  28.99 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5846  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.57 
 
 		 185 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.585769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0631  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1674  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1699  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0534  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0549  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1648  3-phenylpropionate dioxygenase subunit beta  28.49 
 
 		 184 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2880  toluene dioxygenase  25.88 
 
 		 187 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  0.0581646 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2635  2-chlorobenzoate 1,2-dioxygenase  26.67 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0487  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  26.62 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0663  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  26.62 
 
 		 169 aa  42.4  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1266  2-chlorobenzoate 1,2-dioxygenase  25.95 
 
 		 165 aa  41.6  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1667  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.595327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1660  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5621  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0675281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1641  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2111  2-chlorobenzoate 1,2-dioxygenase  26.49 
 
 		 162 aa  41.2  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0182348  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4151  benzene 1,2-dioxygenase  27.1 
 
 		 188 aa  40.8  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0735221  normal  0.34405 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3193  putative aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  26.51 
 
 		 217 aa  40.8  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0483  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  40.8  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1607  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  40.8  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.279924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5625  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  26.62 
 
 		 169 aa  40.4  0.01  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2244  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 169 aa  40.8  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0227902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1634  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, beta subunit  27.22 
 
 		 236 aa  40.8  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>