136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3567 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3567  hydroxypyruvate reductase  100 
 
 		 426 aa  822    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal  0.669404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1897  hydroxypyruvate reductase  88.03 
 
 		 438 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.216641 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2000  Hydroxypyruvate reductase  84.04 
 
 		 426 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0659  hydroxypyruvate reductase  76.53 
 
 		 428 aa  566  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7083  putative hydroxypyruvate reductase  73.94 
 
 		 426 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0566  hypothetical protein  74.18 
 
 		 428 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2974  Hydroxypyruvate reductase  59.2 
 
 		 437 aa  455  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.845005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5964  MOFRL domain protein  61.07 
 
 		 434 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2747  hydroxypyruvate reductase  58.96 
 
 		 437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2869  Hydroxypyruvate reductase  59.43 
 
 		 437 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5205  hydroxypyruvate reductase  60.83 
 
 		 434 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.37508  normal  0.0772192 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5683  Hydroxypyruvate reductase  58.55 
 
 		 428 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0126  hydroxypyruvate reductase  57.78 
 
 		 439 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.448884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2309  hydroxypyruvate reductase  49.42 
 
 		 426 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.866459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1595  glycerate 2-kinase  49.18 
 
 		 424 aa  349  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618023  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3625  hydroxypyruvate reductase  48.72 
 
 		 424 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4300  hydroxypyruvate reductase  48.48 
 
 		 424 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3833  hypothetical protein  50.35 
 
 		 421 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1569  hydroxypyruvate reductase  48.48 
 
 		 424 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.305775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45030  hypothetical protein  50.47 
 
 		 421 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1449  hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  48.83 
 
 		 446 aa  342  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.618251  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3865  hydroxypyruvate reductase  48.48 
 
 		 424 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3263  glycerate 2-kinase  50.35 
 
 		 420 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2329  hydroxypyruvate reductase  46.73 
 
 		 432 aa  335  9e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.162481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2772  glycerate 2-kinase  50.47 
 
 		 424 aa  333  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0569344  normal  0.431109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0976  hydroxypyruvate reductase  48.6 
 
 		 429 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0906913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3451  glycerate 2-kinase  49.77 
 
 		 443 aa  325  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1122  hydroxypyruvate reductase  48.87 
 
 		 440 aa  323  3e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468975  normal  0.520204 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2464  hydroxypyruvate reductase  52.79 
 
 		 421 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2115  hydroxypyruvate reductase  47.51 
 
 		 440 aa  319  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3154  Hydroxypyruvate reductase  49.65 
 
 		 439 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.941324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1042  Hydroxypyruvate reductase  48.42 
 
 		 440 aa  318  2e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3481  Hydroxypyruvate reductase  49.65 
 
 		 439 aa  317  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1721  hydroxypyruvate reductase  48.25 
 
 		 447 aa  315  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374264  normal  0.0199208 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3177  hydroxypyruvate reductase  48.6 
 
 		 428 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000791929 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3294  glycerate 2-kinase  49.32 
 
 		 435 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.805027  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3921  Hydroxypyruvate reductase  46.91 
 
 		 446 aa  310  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0928  hydroxypyruvate reductase  48.86 
 
 		 460 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1132  hydroxypyruvate reductase  50 
 
 		 435 aa  306  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0372  putative hydroxypyruvate reductase  44.08 
 
 		 448 aa  306  5.0000000000000004e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.236389  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1715  Hydroxypyruvate reductase  50.47 
 
 		 421 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.497663 
 
 
-
 
NC_004310  BR0355  hydroxypyruvate reductase, putative  44.08 
 
 		 428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1644  Hydroxypyruvate reductase  45.01 
 
 		 421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2118  glycerate 2-kinase  45.31 
 
 		 426 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1434  hydroxypyruvate reductase  45.35 
 
 		 438 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0461  hydroxypyruvate reductase  44.08 
 
 		 424 aa  302  7.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3609  MOFRL domain protein  43.22 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4659  Hydroxypyruvate reductase  49.53 
 
 		 419 aa  296  6e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4311  hydroxypyruvate reductase  43.02 
 
 		 422 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3717  Hydroxypyruvate reductase  43.93 
 
 		 420 aa  294  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1113  hydroxypyruvate reductase  47.94 
 
 		 448 aa  293  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2031  hydroxypyruvate reductase  49.07 
 
 		 447 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560327 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3163  hydroxypyruvate reductase  45.12 
 
 		 423 aa  286  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3104  hydroxypyruvate reductase  44.37 
 
 		 418 aa  285  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1319  hydroxypyruvate reductase  48.94 
 
 		 422 aa  285  9e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1160  hydroxypyruvate reductase  51.28 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.370064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2839  MOFRL  44.06 
 
 		 421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3926  hydroxypyruvate reductase  45.71 
 
 		 407 aa  282  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0377  Hydroxypyruvate reductase  46.35 
 
 		 432 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.487635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1018  hydroxypyruvate reductase  44.7 
 
 		 448 aa  277  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0362  Hydroxypyruvate reductase  46.58 
 
 		 432 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1461  Hydroxypyruvate reductase  43.95 
 
 		 424 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.012769  normal  0.0639524 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0405  MOFRL  46.59 
 
 		 432 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0774334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0654  MOFRL domain protein  48.84 
 
 		 419 aa  276  5e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0486  putative hydroxypyruvate reductase oxidoreductase protein  46.9 
 
 		 432 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2209  hydroxypyruvate reductase  44.78 
 
 		 444 aa  274  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0336  hydroxypyruvate reductase  41.84 
 
 		 412 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2372  hydroxypyruvate reductase  52.11 
 
 		 424 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.137273  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0463  hydroxypyruvate reductase  46.35 
 
 		 437 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00870475  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9119  hydroxypyruvate reductase  43.76 
 
 		 411 aa  266  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3046  Hydroxypyruvate reductase  45.14 
 
 		 415 aa  265  8.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.698329 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03376  Hydroxypyruvate reductase  39.81 
 
 		 409 aa  260  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1267  hydroxypyruvate reductase  45.33 
 
 		 422 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315917  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1573  hydroxypyruvate reductase  43.87 
 
 		 452 aa  259  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0993833  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1889  hydroxypyruvate reductase  42.36 
 
 		 450 aa  258  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000303684  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3775  MOFRL domain-containing protein  45.94 
 
 		 413 aa  252  8.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1425  Hydroxypyruvate reductase  41.82 
 
 		 424 aa  250  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4629  hydroxypyruvate reductase  43.55 
 
 		 440 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1248  hydroxypyruvate reductase  37.06 
 
 		 417 aa  249  7e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1207  hydroxypyruvate reductase  37.06 
 
 		 417 aa  249  8e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103634  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2230  hydroxypyruvate reductase  41.52 
 
 		 451 aa  246  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3906  hypothetical protein  44.44 
 
 		 427 aa  247  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.394161 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0944  Hydroxypyruvate reductase  42.4 
 
 		 439 aa  246  6e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0451317  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2854  glycerate 2-kinase  46.54 
 
 		 428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5562  hydroxypyruvate reductase  40.3 
 
 		 404 aa  244  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.912561  normal  0.104542 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3797  hydroxypyruvate reductase  45.77 
 
 		 423 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.430898  normal  0.277754 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1253  hydroxypyruvate reductase  36.21 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000356699  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2751  glycerate 2-kinase  41.65 
 
 		 486 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0477  hydroxypyruvate reductase  43.65 
 
 		 374 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3915  MOFRL domain-containing protein  43.28 
 
 		 443 aa  236  8e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0433  hydroxypyruvate reductase  45.81 
 
 		 424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0534  hydroxypyruvate reductase  35.15 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0143531  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2615  hydroxypyruvate reductase  42.4 
 
 		 422 aa  233  6e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0207  hydroxypyruvate reductase  39.31 
 
 		 459 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3071  putative hydroxypyruvate reductase/glycerate kinase  45.77 
 
 		 423 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0099  Hydroxypyruvate reductase  39 
 
 		 443 aa  226  8e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1502  Hydroxypyruvate reductase  39.9 
 
 		 446 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2759  Hydroxypyruvate reductase  45.89 
 
 		 317 aa  224  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0085  hydroxypyruvate reductase  31.7 
 
 		 403 aa  218  1e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.145768  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0806  Hydroxypyruvate reductase  41.67 
 
 		 496 aa  218  2e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.490664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>