49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4783 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4783  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  100 
 
 		 252 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4645  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  93.56 
 
 		 252 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.559684  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4770  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  93.13 
 
 		 252 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0103496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  81.17 
 
 		 253 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0121989  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4926  periplasmic ligand-binding sensor protein  58 
 
 		 252 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4667  hypothetical protein  53.12 
 
 		 265 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4302  hypothetical protein  53.1 
 
 		 234 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.216164  normal  0.509055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1339  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  45.38 
 
 		 241 aa  165  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2633  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  50 
 
 		 257 aa  155  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1156  hypothetical protein  46.79 
 
 		 238 aa  141  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0451536  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18090  hypothetical protein  46.35 
 
 		 252 aa  131  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3700  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.4 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.997851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3073  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  41.28 
 
 		 263 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2807  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  41.09 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.150844  decreased coverage  0.00905915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5408  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3004  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  53.78 
 
 		 250 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1006  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  61.43 
 
 		 250 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3107  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.08 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335177  normal  0.047306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2881  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.08 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.492463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3266  hypothetical protein  37.27 
 
 		 276 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.172052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2783  periplasmic ligand-binding sensor protein  36.56 
 
 		 186 aa  85.5  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204323  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.59 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.015395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12740  hypothetical protein  36.41 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00175041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0077  hypothetical protein  29.89 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0189  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  53.42 
 
 		 240 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0135846  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02006  hypothetical protein  30.5 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2048  hypothetical protein  30.43 
 
 		 177 aa  69.7  0.00000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1777  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  44.44 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3092  hypothetical protein  35.33 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3819  hypothetical protein  35.33 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.666995  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4721  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.78 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1890  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.18 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1337  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.33 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3943  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.5 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.118418 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3830  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.5 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.777067 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2035  hypothetical protein  29.81 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1956  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.19 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.901349  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3674  hypothetical protein  39.19 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.907112 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2569  hypothetical protein  36.43 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.69877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0806  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  42.67 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3191  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35 
 
 		 276 aa  58.5  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0199  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.12 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3437  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.07 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3406  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.28 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4860  hypothetical protein  32.65 
 
 		 228 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0575  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.5 
 
 		 248 aa  49.7  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000133635  hitchhiker  0.0000000000000166564 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1718  hypothetical protein  28.57 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580587  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0612  hypothetical protein  27.66 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400174  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1842  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.33 
 
 		 289 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269543 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>