40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02006 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02006  hypothetical protein  100 
 
 		 215 aa  424  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3943  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  63.16 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.118418 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3830  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  63.16 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.777067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0612  hypothetical protein  58.41 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400174  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4026  periplasmic ligand-binding sensor protein  54.04 
 
 		 239 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1718  hypothetical protein  39.91 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580587  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1956  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  39.9 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.901349  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2035  hypothetical protein  39.9 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1179  hypothetical protein  44.62 
 
 		 205 aa  104  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4860  hypothetical protein  46.48 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0199  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  40 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4926  periplasmic ligand-binding sensor protein  35.18 
 
 		 252 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0077  hypothetical protein  30.52 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2048  hypothetical protein  32.06 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3073  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.27 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4645  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.91 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.559684  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2807  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.63 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.150844  decreased coverage  0.00905915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4783  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.45 
 
 		 252 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4667  hypothetical protein  28.24 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3266  hypothetical protein  30.04 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.172052  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3191  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  39.29 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4770  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.45 
 
 		 252 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0103496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.28 
 
 		 253 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0121989  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1337  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.9 
 
 		 284 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4302  hypothetical protein  28.4 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.216164  normal  0.509055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4721  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.76 
 
 		 274 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0806  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.89 
 
 		 266 aa  51.2  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1777  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.11 
 
 		 284 aa  50.1  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2569  hypothetical protein  38.1 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.69877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5408  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.12 
 
 		 253 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2783  periplasmic ligand-binding sensor protein  28.14 
 
 		 186 aa  45.4  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1156  hypothetical protein  25.86 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0451536  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1890  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.56 
 
 		 278 aa  43.9  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3437  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.95 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1842  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.9 
 
 		 289 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269543 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3674  hypothetical protein  32.43 
 
 		 165 aa  42.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.907112 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3819  hypothetical protein  32.43 
 
 		 192 aa  42.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.666995  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3092  hypothetical protein  32.43 
 
 		 192 aa  42.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3406  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  31.94 
 
 		 220 aa  42.7  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2633  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  23.81 
 
 		 257 aa  41.6  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>