49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4770 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4770  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  100 
 
 		 252 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0103496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4645  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  96.57 
 
 		 252 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.559684  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4783  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  91.98 
 
 		 252 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  79.08 
 
 		 253 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0121989  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4926  periplasmic ligand-binding sensor protein  59.6 
 
 		 252 aa  224  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4667  hypothetical protein  55.43 
 
 		 265 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4302  hypothetical protein  55.43 
 
 		 234 aa  194  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.216164  normal  0.509055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1339  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  46.15 
 
 		 241 aa  168  8e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2633  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  50.24 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1156  hypothetical protein  45.45 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0451536  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18090  hypothetical protein  44.74 
 
 		 252 aa  125  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3700  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.94 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.997851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3073  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  40.28 
 
 		 263 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5408  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.08 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2807  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  40.51 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.150844  decreased coverage  0.00905915 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3004  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  52.94 
 
 		 250 aa  99  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1006  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  61.43 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3107  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.08 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335177  normal  0.047306 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2881  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.08 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.492463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3266  hypothetical protein  37.74 
 
 		 276 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.172052  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3651  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  38.21 
 
 		 263 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.015395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2783  periplasmic ligand-binding sensor protein  36.22 
 
 		 186 aa  87.8  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12740  hypothetical protein  35.96 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00175041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0077  hypothetical protein  32.23 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0189  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  54.79 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0135846  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2048  hypothetical protein  30.98 
 
 		 177 aa  71.2  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1890  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  44.32 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1777  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  43.21 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3092  hypothetical protein  34.21 
 
 		 192 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3819  hypothetical protein  34.21 
 
 		 192 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.666995  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_003296  RS02006  hypothetical protein  32.98 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3674  hypothetical protein  33.7 
 
 		 165 aa  65.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.907112 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3830  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.79 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.777067 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3943  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.79 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.118418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1337  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.15 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2035  hypothetical protein  29.17 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1956  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.55 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.901349  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3406  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.56 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4721  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.83 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0806  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  41.33 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3437  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.09 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2569  hypothetical protein  34.16 
 
 		 265 aa  55.5  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.69877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3191  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.08 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0199  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  27.97 
 
 		 249 aa  52  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4860  hypothetical protein  32.98 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0612  hypothetical protein  28.35 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400174  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1718  hypothetical protein  26.43 
 
 		 210 aa  46.2  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1842  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.33 
 
 		 289 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269543 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0575  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.53 
 
 		 248 aa  42  0.01  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000133635  hitchhiker  0.0000000000000166564 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>