43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1410 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1410  oxidase  100 
 
 		 178 aa  360  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3878  hypothetical protein  89.89 
 
 		 178 aa  329  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0218712  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1832  oxidase, putative  89.89 
 
 		 178 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.686092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1440  oxidase  75.84 
 
 		 178 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0261335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1725  acireductone dioxygenase, ARD  43.43 
 
 		 201 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2046  ARD/ARD' family protein  45.14 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00213486  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1856  acireductone dioxygenase, ARD  44.57 
 
 		 181 aa  150  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0338942  normal  0.893341 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23790  Acireductone dioxygenase, ARD  40.88 
 
 		 181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42730  putative oxidase  39.77 
 
 		 181 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3588  putative oxidase  39.77 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1884  hypothetical protein  40.33 
 
 		 178 aa  114  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3301  Acireductone dioxygenase ARD  33.52 
 
 		 181 aa  101  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2624  Acireductone dioxygenase ARD  34.86 
 
 		 180 aa  100  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0608  hypothetical protein  31.25 
 
 		 180 aa  98.2  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.938645 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0018  acireductone dioxygenase, ARD  35.43 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3455  Acireductone dioxygenase ARD  31.11 
 
 		 181 aa  94.7  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0908  acireductone dioxygenase, ARD  34.66 
 
 		 185 aa  93.2  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1411  methionine salvage pathway enzyme  30.86 
 
 		 188 aa  90.9  8e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1344  acireductone dioxygenase ARD  30.86 
 
 		 188 aa  90.9  9e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1781  Acireductone dioxygenase ARD  33.15 
 
 		 185 aa  90.5  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.242318 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0798  ARD/ARD' family dioxygenase  33.14 
 
 		 186 aa  89.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.665186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0887  Acireductone dioxygenase ARD  32.02 
 
 		 180 aa  88.2  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.266171  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0920  Acireductone dioxygenase ARD  32.4 
 
 		 180 aa  88.6  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1141  acireductone dioxygenase, ARD  31.25 
 
 		 180 aa  88.2  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00847  dioxygenase  30.11 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00184513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06080  dioxygenase  30.11 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1414  Acireductone dioxygenase ARD  35.91 
 
 		 179 aa  84.3  9e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3180  ARD/ARD' family dioxygenase  29.55 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3329  ARD/ARD' family dioxygenase  29.55 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.780596 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0944  acireductone dioxygenase ARD  31.32 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21601  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like protein  31.91 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0740094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3319  acireductone dioxygenase ARD  30.34 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1853  acireductone dioxygenase ARD  34.08 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0739842  normal  0.0828134 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1513  Acireductone dioxygenase ARD  28.4 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.354648  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2021  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like  31.77 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0651  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2' -like  31.02 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.573573  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2725  Acireductone dioxygenase ARD  27.81 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1549  Acireductone dioxygenase ARD  28.82 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.529174  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0987  Acireductone dioxygenase ARD  28.42 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2511  putative oxidase  30.11 
 
 		 183 aa  68.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4249  Acireductone dioxygenase ARD  28.68 
 
 		 152 aa  42.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.262659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1265  Acireductone dioxygenase ARD  27.59 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4156  Acireductone dioxygenase ARD  24.59 
 
 		 184 aa  42  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>