50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3878 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3878  hypothetical protein  100 
 
 		 178 aa  362  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0218712  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1832  oxidase, putative  97.75 
 
 		 178 aa  353  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.686092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1410  oxidase  89.89 
 
 		 178 aa  329  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1440  oxidase  75.84 
 
 		 178 aa  292  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0261335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1725  acireductone dioxygenase, ARD  42.61 
 
 		 201 aa  151  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2046  ARD/ARD' family protein  43.75 
 
 		 181 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00213486  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1856  acireductone dioxygenase, ARD  43.18 
 
 		 181 aa  147  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0338942  normal  0.893341 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23790  Acireductone dioxygenase, ARD  39.2 
 
 		 181 aa  127  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3588  putative oxidase  39.2 
 
 		 181 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42730  putative oxidase  39.2 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1884  hypothetical protein  38.67 
 
 		 178 aa  107  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3301  Acireductone dioxygenase ARD  33.52 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0018  acireductone dioxygenase, ARD  35.43 
 
 		 180 aa  101  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2624  Acireductone dioxygenase ARD  34.09 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3455  Acireductone dioxygenase ARD  32.95 
 
 		 181 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0608  hypothetical protein  30.68 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.938645 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1141  acireductone dioxygenase, ARD  31.25 
 
 		 180 aa  90.1  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0908  acireductone dioxygenase, ARD  33.52 
 
 		 185 aa  89.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1781  Acireductone dioxygenase ARD  32.58 
 
 		 185 aa  89.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.242318 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0920  Acireductone dioxygenase ARD  32.4 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1411  methionine salvage pathway enzyme  28.98 
 
 		 188 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0798  ARD/ARD' family dioxygenase  33.14 
 
 		 186 aa  89  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.665186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0887  Acireductone dioxygenase ARD  32.02 
 
 		 180 aa  89  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.266171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1344  acireductone dioxygenase ARD  28.98 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00847  dioxygenase  29.55 
 
 		 188 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00184513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06080  dioxygenase  29.55 
 
 		 188 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1414  Acireductone dioxygenase ARD  33.52 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3329  ARD/ARD' family dioxygenase  29.55 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.780596 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3180  ARD/ARD' family dioxygenase  29.55 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0944  acireductone dioxygenase ARD  29.44 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3319  acireductone dioxygenase ARD  30.34 
 
 		 180 aa  82  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1853  acireductone dioxygenase ARD  32.58 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0739842  normal  0.0828134 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21601  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like protein  31.91 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0740094 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0651  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2' -like  32.09 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.573573  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1513  Acireductone dioxygenase ARD  27.81 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.354648  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2725  Acireductone dioxygenase ARD  28.41 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1549  Acireductone dioxygenase ARD  28.32 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.529174  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2021  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like  29.84 
 
 		 186 aa  72  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2511  putative oxidase  29.55 
 
 		 183 aa  71.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0987  Acireductone dioxygenase ARD  28.88 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1265  Acireductone dioxygenase ARD  29.49 
 
 		 179 aa  44.7  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1090  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  42  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4106  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase, putative  26.13 
 
 		 170 aa  41.6  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4249  Acireductone dioxygenase ARD  29.41 
 
 		 152 aa  41.2  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.262659  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3796  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3949  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4258  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4060  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4170  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  26.13 
 
 		 170 aa  40.8  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000017557  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2738  acireductone dioxygenase ARD  24.78 
 
 		 170 aa  40.8  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00558857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>