52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1884 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1884  hypothetical protein  100 
 
 		 178 aa  361  3e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1856  acireductone dioxygenase, ARD  47.49 
 
 		 181 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0338942  normal  0.893341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1725  acireductone dioxygenase, ARD  45.81 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2046  ARD/ARD' family protein  46.37 
 
 		 181 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00213486  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3588  putative oxidase  47.16 
 
 		 181 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42730  putative oxidase  46.59 
 
 		 181 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23790  Acireductone dioxygenase, ARD  42.46 
 
 		 181 aa  137  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1440  oxidase  40.33 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0261335 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2624  Acireductone dioxygenase ARD  34.81 
 
 		 180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1410  oxidase  40.33 
 
 		 178 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1853  acireductone dioxygenase ARD  34.64 
 
 		 184 aa  110  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0739842  normal  0.0828134 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0798  ARD/ARD' family dioxygenase  35.75 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.665186  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3878  hypothetical protein  38.67 
 
 		 178 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0218712  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1832  oxidase, putative  38.67 
 
 		 178 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.686092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0018  acireductone dioxygenase, ARD  32.39 
 
 		 180 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3301  Acireductone dioxygenase ARD  32.4 
 
 		 181 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1781  Acireductone dioxygenase ARD  29.78 
 
 		 185 aa  97.8  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.242318 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06080  dioxygenase  29.21 
 
 		 188 aa  97.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00847  dioxygenase  29.21 
 
 		 188 aa  97.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00184513  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0908  acireductone dioxygenase, ARD  34.25 
 
 		 185 aa  97.4  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0608  hypothetical protein  33.52 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.938645 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1411  methionine salvage pathway enzyme  29.21 
 
 		 188 aa  94.4  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3455  Acireductone dioxygenase ARD  30.73 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1141  acireductone dioxygenase, ARD  32.4 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1344  acireductone dioxygenase ARD  28.65 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0920  Acireductone dioxygenase ARD  30.56 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0944  acireductone dioxygenase ARD  29.61 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2511  putative oxidase  33.7 
 
 		 183 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2021  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like  32.09 
 
 		 186 aa  89.4  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0887  Acireductone dioxygenase ARD  28.33 
 
 		 180 aa  88.6  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.266171  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21601  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2'-like protein  30.43 
 
 		 218 aa  87.8  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0740094 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3329  ARD/ARD' family dioxygenase  29.44 
 
 		 180 aa  87.4  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.780596 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3180  ARD/ARD' family dioxygenase  29.44 
 
 		 180 aa  87.4  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3319  acireductone dioxygenase ARD  29.44 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1513  Acireductone dioxygenase ARD  29.76 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.354648  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0651  methionine salvage pathway enzyme E-2/E-2' -like  29.71 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.573573  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2725  Acireductone dioxygenase ARD  31.48 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1414  Acireductone dioxygenase ARD  28.98 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1549  Acireductone dioxygenase ARD  30.49 
 
 		 173 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.529174  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0987  Acireductone dioxygenase ARD  36.84 
 
 		 189 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0433  dioxygenase, ARD/ARD' family  28.82 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0595  Acireductone dioxygenase ARD  28.82 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.415363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1265  Acireductone dioxygenase ARD  22.08 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4170  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000017557  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4148  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.178731  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1090  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4060  putative 5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4106  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase, putative  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3796  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3949  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4258  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  23.71 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3781  5-methylthio-3-oxo-1-penten-1,2-diol dioxygenase  22.68 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.566667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>