More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2370 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0057  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  48.81 
 
 		 824 aa  728    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00724799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1413  chaperone ClpB  48.03 
 
 		 812 aa  733    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0658  ClpB protein  47.1 
 
 		 865 aa  688    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3316  chaperone-associated ATPase, putative  90.59 
 
 		 940 aa  1664    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.39865 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2327  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  46.23 
 
 		 859 aa  687    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0165  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  49.05 
 
 		 817 aa  767    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1335  ATP-dependent protease  49.81 
 
 		 862 aa  696    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.255547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.13 
 
 		 811 aa  771    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3913  ATP-dependent chaperone protein ClpB  46.36 
 
 		 861 aa  686    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  44.8 
 
 		 874 aa  699    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3577  clpB protein  47.75 
 
 		 857 aa  697    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0829  clpB protein  45.81 
 
 		 854 aa  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.13 
 
 		 811 aa  771    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  51.13 
 
 		 811 aa  771    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  51.13 
 
 		 811 aa  771    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  45.56 
 
 		 858 aa  694    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  45.56 
 
 		 858 aa  696    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0728  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal:Clp, N terminal  45.45 
 
 		 854 aa  691    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0200  ATPase  46.61 
 
 		 867 aa  698    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371355  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2876  ATPase  47.05 
 
 		 830 aa  722    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0660  Clp protease ATP-binding subunit  45.1 
 
 		 855 aa  723    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.562676  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5916  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  60.71 
 
 		 942 aa  1059    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1980  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  48.39 
 
 		 862 aa  709    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.192819  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0815  ClpB protein  46.76 
 
 		 859 aa  684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0589  AAA ATPase  47.61 
 
 		 891 aa  692    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.917819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0132  ATPase  45.65 
 
 		 873 aa  725    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0140  ATPase  44.59 
 
 		 876 aa  696    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.182889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0910  UvrB/UvrC protein  49.38 
 
 		 823 aa  760    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2335  ATPase  45.54 
 
 		 872 aa  712    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4348  UvrB/UvrC protein  47.57 
 
 		 814 aa  729    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6998  putative ClpA/B protease, ATPase subunit  60.6 
 
 		 949 aa  1069    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0911  ATPase  45.4 
 
 		 862 aa  703    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1389  ATPase  46.34 
 
 		 843 aa  737    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1007  ATPase  46.31 
 
 		 862 aa  704    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.783787 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1627  ATPase  46.9 
 
 		 846 aa  746    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0475854  normal  0.546866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3413  ATPase  89.67 
 
 		 949 aa  1701    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114965  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.13 
 
 		 811 aa  771    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1099  Clp protease ATP-binding subunit  45.58 
 
 		 842 aa  731    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.372897  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0260  ATPase  49.5 
 
 		 824 aa  753    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1089  ATPase  45.56 
 
 		 883 aa  701    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000277828 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0753  chaperone clpB  46.98 
 
 		 870 aa  708    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0162  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  49.94 
 
 		 840 aa  735    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4383  ATPase AAA-2  48.43 
 
 		 834 aa  723    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.388012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  47.93 
 
 		 879 aa  704    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1289  ATPase AAA-2  46.31 
 
 		 865 aa  723    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00235636  normal  0.153454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4277  ATPase AAA-2  48.51 
 
 		 879 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.345892  normal  0.036292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1170  ATPase AAA-2  90.73 
 
 		 949 aa  1720    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.501064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2198  ATPase AAA-2  48.46 
 
 		 861 aa  743    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.105301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1887  putative ATP-dependent Clp protease, ATP- binding subunit  56.98 
 
 		 961 aa  1048    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135075  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2199  ATPase AAA-2  43.99 
 
 		 869 aa  689    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0278692  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4095  ATPase AAA-2  46.91 
 
 		 879 aa  701    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0499  ATPase AAA-2  46.29 
 
 		 860 aa  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.333931  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0681  ATPase AAA-2  47.94 
 
 		 878 aa  684    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.310186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4765  ATPase AAA-2  46.02 
 
 		 878 aa  686    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000533628  normal  0.0145469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1210  ATPase AAA-2  47.75 
 
 		 861 aa  694    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0522971  normal  0.881937 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1406  ATPase AAA-2  61.56 
 
 		 946 aa  1078    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6232  ATPase AAA-2  48.74 
 
 		 865 aa  709    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4756  ATPase AAA-2  48.51 
 
 		 847 aa  716    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.491369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  48.56 
 
 		 837 aa  706    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0676  ATPase AAA-2  51.74 
 
 		 886 aa  835    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000220966  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2179  ATPase AAA-2  48.76 
 
 		 834 aa  757    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  45.42 
 
 		 891 aa  714    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3123  heat shock protein  45.89 
 
 		 871 aa  686    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2751  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  44.08 
 
 		 814 aa  689    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2437  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  43.97 
 
 		 814 aa  689    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0199  ATP-dependent Clp protease, subunit B  49.04 
 
 		 856 aa  689    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0543  ATPase AAA-2  44.28 
 
 		 870 aa  694    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0110246  normal  0.574025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2437  ATPase AAA-2  49.01 
 
 		 825 aa  752    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.643825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3380  ATPase AAA-2  46.67 
 
 		 825 aa  730    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.802803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2991  ATPase  47.5 
 
 		 857 aa  693    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00302942  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3072  ATPase  47.5 
 
 		 857 aa  693    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0239882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2558  ATPase  46.4 
 
 		 864 aa  693    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.111038  hitchhiker  0.00562869 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0669  ATPase  46.6 
 
 		 865 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0949399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0493  ATPase  48.8 
 
 		 864 aa  712    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2367  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  46.5 
 
 		 828 aa  711    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000278199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0650  ATPase  46.76 
 
 		 868 aa  701    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.557806 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1785  ATPase  49.29 
 
 		 865 aa  709    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5668  ATPase  60.57 
 
 		 953 aa  1059    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06000  putative ClpA/B protease ATP binding subunit  67.56 
 
 		 850 aa  1080    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0160864 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0168  ATPase  46.58 
 
 		 830 aa  720    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1847  ATPase  48.74 
 
 		 865 aa  709    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6423  ATPase  61.56 
 
 		 946 aa  1078    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.707526  normal  0.616913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3169  ATPase  47.5 
 
 		 857 aa  693    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00027679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0220  ATPase  47.57 
 
 		 839 aa  727    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230139  normal  0.171327 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2119  ATPase  46.75 
 
 		 864 aa  692    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.299274  normal  0.0630262 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1737  ATPase  45.74 
 
 		 873 aa  694    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4012  ATPase  63.95 
 
 		 953 aa  1088    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0466  ATPase  45.1 
 
 		 861 aa  727    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2603  clpB protein  47.74 
 
 		 857 aa  699    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0399134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4842  ATPase  48.51 
 
 		 847 aa  716    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0659  ATPase  46.67 
 
 		 848 aa  684    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5358  ATPase  48.38 
 
 		 847 aa  729    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0880  ATPase  46.63 
 
 		 859 aa  701    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0343543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3393  ATPase  90.09 
 
 		 949 aa  1707    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246292  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3198  ATPase  50.8 
 
 		 867 aa  701    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11941  ClpC  45.82 
 
 		 842 aa  734    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.316562  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11791  ClpC  46.59 
 
 		 843 aa  737    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14921  ClpC  45.22 
 
 		 855 aa  725    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09911  ClpC  45.74 
 
 		 859 aa  735    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18321  ATP-dependent Clp protease, Hsp 100, ATP-binding subunit ClpB  45.12 
 
 		 863 aa  703    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.207261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>