More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3316 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0057  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  48.12 
 
 		 824 aa  723    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00724799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1413  chaperone ClpB  46.75 
 
 		 812 aa  735    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0658  ClpB protein  45.81 
 
 		 865 aa  687    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3316  chaperone-associated ATPase, putative  100 
 
 		 940 aa  1891    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.39865 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2327  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  46.64 
 
 		 859 aa  702    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0165  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  48.32 
 
 		 817 aa  767    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1335  ATP-dependent protease  50.97 
 
 		 862 aa  706    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.255547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  50.19 
 
 		 811 aa  760    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3913  ATP-dependent chaperone protein ClpB  46.59 
 
 		 861 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.45 
 
 		 874 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3577  clpB protein  46.51 
 
 		 857 aa  690    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0829  clpB protein  45.81 
 
 		 854 aa  692    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  50.19 
 
 		 811 aa  760    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  50.19 
 
 		 811 aa  760    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  50.19 
 
 		 811 aa  760    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0728  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal:Clp, N terminal  45.4 
 
 		 854 aa  687    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0200  ATPase  46.72 
 
 		 867 aa  704    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371355  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2876  ATPase  47.18 
 
 		 830 aa  731    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0660  Clp protease ATP-binding subunit  45.05 
 
 		 855 aa  714    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.562676  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5916  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  60.69 
 
 		 942 aa  1068    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1980  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  47.32 
 
 		 862 aa  688    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.192819  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0815  ClpB protein  46.42 
 
 		 859 aa  689    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0589  AAA ATPase  48.58 
 
 		 891 aa  706    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.917819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0132  ATPase  47.26 
 
 		 873 aa  737    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0140  ATPase  44.52 
 
 		 876 aa  687    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.182889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0910  UvrB/UvrC protein  48.95 
 
 		 823 aa  754    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2335  ATPase  46.19 
 
 		 872 aa  721    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4348  UvrB/UvrC protein  47.57 
 
 		 814 aa  729    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6998  putative ClpA/B protease, ATPase subunit  60.63 
 
 		 949 aa  1069    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5148  AAA ATPase, ClpB  48.49 
 
 		 865 aa  713    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.830586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0911  ATPase  44.7 
 
 		 862 aa  703    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1389  ATPase  45.79 
 
 		 843 aa  727    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1627  ATPase  45.92 
 
 		 846 aa  732    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0475854  normal  0.546866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3413  ATPase  88.94 
 
 		 949 aa  1638    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114965  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  50.19 
 
 		 811 aa  760    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1099  Clp protease ATP-binding subunit  44.92 
 
 		 842 aa  727    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.372897  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0260  ATPase  48.95 
 
 		 824 aa  744    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1089  ATPase  45.53 
 
 		 883 aa  702    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000277828 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1541  ATPase with chaperone activity  49.07 
 
 		 869 aa  724    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0753  chaperone clpB  46.1 
 
 		 870 aa  702    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0162  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  49.52 
 
 		 840 aa  728    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0385  AAA ATPase, ClpA/B  47.22 
 
 		 870 aa  686    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4383  ATPase AAA-2  48.81 
 
 		 834 aa  726    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.388012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  47.93 
 
 		 879 aa  706    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2824  AAA ATPase, central region  44.53 
 
 		 859 aa  696    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.553525  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1289  ATPase AAA-2  45.65 
 
 		 865 aa  716    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00235636  normal  0.153454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4277  ATPase AAA-2  48.52 
 
 		 879 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.345892  normal  0.036292 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1170  ATPase AAA-2  89.59 
 
 		 949 aa  1652    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.501064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2198  ATPase AAA-2  48.7 
 
 		 861 aa  745    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.105301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1887  putative ATP-dependent Clp protease, ATP- binding subunit  58.27 
 
 		 961 aa  1033    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135075  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2374  heat-shock protein, chaperone ClpB  48.6 
 
 		 865 aa  715    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0849473  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4095  ATPase AAA-2  47.75 
 
 		 879 aa  702    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0499  ATPase AAA-2  46.4 
 
 		 860 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.333931  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0681  ATPase AAA-2  48.58 
 
 		 878 aa  694    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.310186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4765  ATPase AAA-2  45.67 
 
 		 878 aa  684    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000533628  normal  0.0145469 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1406  ATPase AAA-2  61.29 
 
 		 946 aa  1082    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6232  ATPase AAA-2  48.37 
 
 		 865 aa  714    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4756  ATPase AAA-2  47.72 
 
 		 847 aa  717    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.491369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  48.81 
 
 		 837 aa  707    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0676  ATPase AAA-2  51.26 
 
 		 886 aa  830    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000220966  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2179  ATPase AAA-2  48.12 
 
 		 834 aa  756    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  48.76 
 
 		 891 aa  711    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3123  heat shock protein  45.49 
 
 		 871 aa  688    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2751  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  44.83 
 
 		 814 aa  694    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2437  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  44.7 
 
 		 814 aa  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0199  ATP-dependent Clp protease, subunit B  48.28 
 
 		 856 aa  693    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0543  ATPase AAA-2  44.72 
 
 		 870 aa  707    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0110246  normal  0.574025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2437  ATPase AAA-2  48.39 
 
 		 825 aa  741    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.643825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3380  ATPase AAA-2  46.54 
 
 		 825 aa  726    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.802803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2991  ATPase  46.77 
 
 		 857 aa  688    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00302942  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3072  ATPase  46.77 
 
 		 857 aa  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0239882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2558  ATPase  46.51 
 
 		 864 aa  696    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.111038  hitchhiker  0.00562869 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0669  ATPase  45.78 
 
 		 865 aa  684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0949399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0493  ATPase  48.53 
 
 		 864 aa  717    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2367  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  46.73 
 
 		 828 aa  712    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000278199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1785  ATPase  48.78 
 
 		 865 aa  712    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5668  ATPase  59.7 
 
 		 953 aa  1059    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06000  putative ClpA/B protease ATP binding subunit  68.11 
 
 		 850 aa  1082    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0160864 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0168  ATPase  46.57 
 
 		 830 aa  725    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1847  ATPase  48.37 
 
 		 865 aa  714    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6423  ATPase  61.29 
 
 		 946 aa  1082    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.707526  normal  0.616913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3169  ATPase  46.77 
 
 		 857 aa  688    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00027679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0220  ATPase  47.23 
 
 		 839 aa  730    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230139  normal  0.171327 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2119  ATPase  47.61 
 
 		 864 aa  709    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.299274  normal  0.0630262 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1737  ATPase  44.92 
 
 		 873 aa  686    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4012  ATPase  63.14 
 
 		 953 aa  1084    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0466  ATPase  46.32 
 
 		 861 aa  722    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2603  clpB protein  46.71 
 
 		 857 aa  690    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0399134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4842  ATPase  47.72 
 
 		 847 aa  717    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5358  ATPase  47.6 
 
 		 847 aa  729    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0880  ATPase  46.85 
 
 		 859 aa  695    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0343543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3393  ATPase  89.91 
 
 		 949 aa  1651    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246292  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3198  ATPase  50.8 
 
 		 867 aa  702    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3599  ATPase  47.32 
 
 		 867 aa  688    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.177428 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2232  ATPase  46.08 
 
 		 870 aa  690    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11941  ClpC  44.97 
 
 		 842 aa  726    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.316562  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11791  ClpC  45.7 
 
 		 843 aa  725    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14921  ClpC  44.89 
 
 		 855 aa  715    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09911  ClpC  45.09 
 
 		 859 aa  722    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1789  ATPase AAA-2  48.64 
 
 		 818 aa  770    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.607583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>