More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2437 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02482  protein disaggregation chaperone  44.08 
 
 		 857 aa  701    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000328184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1080  ATP-dependent chaperone ClpB  44.08 
 
 		 857 aa  701    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.0000000000145981  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0559  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  48.95 
 
 		 870 aa  733    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0057  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  50.67 
 
 		 824 aa  774    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00724799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1413  chaperone ClpB  47.75 
 
 		 812 aa  744    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0658  ClpB protein  46.17 
 
 		 865 aa  712    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0625  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  44.39 
 
 		 854 aa  686    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0977659  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0165  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  53.24 
 
 		 817 aa  860    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3106  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.05 
 
 		 859 aa  688    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.652443  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  55.39 
 
 		 811 aa  873    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3913  ATP-dependent chaperone protein ClpB  44.98 
 
 		 861 aa  689    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  44.33 
 
 		 874 aa  709    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0829  clpB protein  44.15 
 
 		 854 aa  692    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  55.39 
 
 		 811 aa  873    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  55.39 
 
 		 811 aa  873    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  55.57 
 
 		 811 aa  874    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  44.24 
 
 		 858 aa  709    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  44.24 
 
 		 858 aa  710    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0728  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal:Clp, N terminal  43.76 
 
 		 854 aa  693    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2876  ATPase  53.2 
 
 		 830 aa  868    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0660  Clp protease ATP-binding subunit  50.36 
 
 		 855 aa  814    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.562676  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0589  AAA ATPase  42.29 
 
 		 891 aa  695    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.917819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0132  ATPase  44.77 
 
 		 873 aa  713    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0910  UvrB/UvrC protein  51.11 
 
 		 823 aa  812    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2335  ATPase  44.86 
 
 		 872 aa  706    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4348  UvrB/UvrC protein  50.06 
 
 		 814 aa  789    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2381  ATP-dependent Clp protease  43.36 
 
 		 865 aa  695    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1408  chaperone ClpB  44.51 
 
 		 870 aa  691    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6998  putative ClpA/B protease, ATPase subunit  45.72 
 
 		 949 aa  689    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1932  ATPase  50.24 
 
 		 847 aa  787    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.356612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0911  ATPase  44.11 
 
 		 862 aa  703    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1389  ATPase  50.12 
 
 		 843 aa  806    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1484  ATPase  47.31 
 
 		 863 aa  729    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1627  ATPase  50.42 
 
 		 846 aa  818    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0475854  normal  0.546866 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2851  AAA ATPase  45.3 
 
 		 864 aa  701    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000473406  hitchhiker  0.00000000124432 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0414  AAA ATPase  44.18 
 
 		 854 aa  689    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.817995  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  55.39 
 
 		 811 aa  873    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1099  Clp protease ATP-binding subunit  51.46 
 
 		 842 aa  822    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.372897  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0260  ATPase  50.8 
 
 		 824 aa  804    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1089  ATPase  44.8 
 
 		 883 aa  724    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000277828 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0753  chaperone clpB  42.39 
 
 		 870 aa  697    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0162  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  50.95 
 
 		 840 aa  791    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4383  ATPase AAA-2  53.55 
 
 		 834 aa  850    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.388012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  46.17 
 
 		 879 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2824  AAA ATPase, central region  43.65 
 
 		 859 aa  694    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.553525  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4277  ATPase AAA-2  49.05 
 
 		 879 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.345892  normal  0.036292 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2199  ATPase AAA-2  45.98 
 
 		 869 aa  699    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0278692  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4095  ATPase AAA-2  46.34 
 
 		 879 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3573  ATPase AAA-2  47.06 
 
 		 818 aa  731    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.307239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4765  ATPase AAA-2  48.19 
 
 		 878 aa  704    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000533628  normal  0.0145469 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0406  ATPase AAA-2  43.59 
 
 		 862 aa  701    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2391  ATPase AAA-2  44.41 
 
 		 859 aa  706    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1406  ATPase AAA-2  45.97 
 
 		 946 aa  689    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4756  ATPase AAA-2  52.41 
 
 		 847 aa  826    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.491369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  47.92 
 
 		 837 aa  728    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0676  ATPase AAA-2  47.53 
 
 		 886 aa  712    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000220966  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2179  ATPase AAA-2  52.4 
 
 		 834 aa  839    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  44.78 
 
 		 891 aa  710    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1079  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit  48.41 
 
 		 848 aa  757    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2751  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  99.14 
 
 		 814 aa  1618    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2437  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  100 
 
 		 814 aa  1630    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0199  ATP-dependent Clp protease, subunit B  44.05 
 
 		 856 aa  686    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0543  ATPase AAA-2  43.68 
 
 		 870 aa  689    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0110246  normal  0.574025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2437  ATPase AAA-2  51.55 
 
 		 825 aa  809    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.643825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3380  ATPase AAA-2  50.43 
 
 		 825 aa  805    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.802803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2558  ATPase  44.05 
 
 		 864 aa  704    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.111038  hitchhiker  0.00562869 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2367  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  53.03 
 
 		 828 aa  851    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000278199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0650  ATPase  43.92 
 
 		 868 aa  695    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.557806 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5668  ATPase  45.48 
 
 		 953 aa  687    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60190  clpB protein  44.62 
 
 		 854 aa  701    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00250267  hitchhiker  0.00000000231015 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0514  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  47.9 
 
 		 823 aa  750    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.262133  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0283  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  50 
 
 		 838 aa  748    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.114568  hitchhiker  0.0000140649 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0185  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  48.83 
 
 		 826 aa  734    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0168  ATPase  54.48 
 
 		 830 aa  872    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6423  ATPase  45.97 
 
 		 946 aa  689    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.707526  normal  0.616913 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0220  ATPase  53.64 
 
 		 839 aa  862    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230139  normal  0.171327 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0334  ATPase  50.18 
 
 		 854 aa  791    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0466  ATPase  52.1 
 
 		 861 aa  832    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2603  clpB protein  43.5 
 
 		 857 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0399134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4842  ATPase  52.41 
 
 		 847 aa  826    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5358  ATPase  52.6 
 
 		 847 aa  840    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0880  ATPase  44.03 
 
 		 859 aa  705    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0343543  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3198  ATPase  46 
 
 		 867 aa  695    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3599  ATPase  44.56 
 
 		 867 aa  688    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.177428 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11941  ClpC  51.09 
 
 		 842 aa  824    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.316562  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11791  ClpC  51.1 
 
 		 843 aa  815    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14921  ClpC  50.24 
 
 		 855 aa  813    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09911  ClpC  49.64 
 
 		 859 aa  814    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1789  ATPase AAA-2  58.14 
 
 		 818 aa  938    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.607583  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0075  ATPase  44.51 
 
 		 870 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0715422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5142  ATPase  52.66 
 
 		 847 aa  841    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.624262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11951  ClpC  50.67 
 
 		 841 aa  811    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0180  ATPase  52.76 
 
 		 812 aa  865    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1430  ATPase  52.16 
 
 		 847 aa  822    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.576172  normal  0.410328 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29402  chaperone, Hsp100 family, ClpC-type  48.6 
 
 		 840 aa  745    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0120883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4275  ATPase  53.8 
 
 		 844 aa  842    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.219573 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2815  ATPase  44.05 
 
 		 870 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565756  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3072  protein disaggregation chaperone  44.28 
 
 		 857 aa  700    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000111727  normal  0.0172614 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3639  ATPase  44.28 
 
 		 854 aa  694    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2583  ATPase  46.56 
 
 		 848 aa  732    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.444308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>