53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1840 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1840  hypothetical protein  100 
 
 		 60 aa  121  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327409  normal  0.891126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22880  putative Fe-S protein  63.79 
 
 		 70 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.900753  normal  0.190729 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1931  putative Fe-S protein  63.79 
 
 		 75 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1491  hypothetical protein  59.32 
 
 		 63 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.248534  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1814  hypothetical protein  53.45 
 
 		 100 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3582  hypothetical protein  52.54 
 
 		 63 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.765416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5160  hypothetical protein  44 
 
 		 57 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2233  hypothetical protein  40 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256275  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2468  hypothetical protein  38 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.835928  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3157  hypothetical protein  34.78 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982589  normal  0.105283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2864  hypothetical protein  32.65 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.238501 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4259  hypothetical protein  42.86 
 
 		 69 aa  47.4  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.699772  normal  0.0946677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2107  hypothetical protein  32.61 
 
 		 66 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2290  hypothetical protein  32.61 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.813592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2045  hypothetical protein  40.82 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0738495  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2046  hypothetical protein  44.68 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00450477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3626  hypothetical protein  32.61 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1057  hypothetical protein  42.31 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3459  hypothetical protein  43.33 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.203383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1466  hypothetical protein  42 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2063  hypothetical protein  38.78 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15252  normal  0.0794579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1551  hypothetical protein  41.82 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355099  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0509  hypothetical protein  40.82 
 
 		 55 aa  44.7  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2184  protein of unknown function DUF1289  38.78 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.768607  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1889  protein of unknown function DUF1289  35.09 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.102819  normal  0.458319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2320  protein of unknown function DUF1289  37.93 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2083  protein of unknown function DUF1289  40.74 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.333398  normal  0.751471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0842  protein of unknown function DUF1289  44 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.660965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5051  hypothetical protein  36.54 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1974  hypothetical protein  42.62 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1275  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2479  hypothetical protein  41.46 
 
 		 60 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00121761  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5318  protein of unknown function DUF1289  40.91 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3407  hypothetical protein  43.9 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.29096  normal  0.480404 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2528  hypothetical protein  37.04 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1341  hypothetical protein  43.18 
 
 		 76 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0389331  normal  0.17465 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6311  hypothetical protein  41.82 
 
 		 70 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2683  hypothetical protein  43.18 
 
 		 76 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.344711  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1605  hypothetical protein  37.29 
 
 		 73 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0647603  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2872  hypothetical protein  41.82 
 
 		 68 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3009  hypothetical protein  41.82 
 
 		 68 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2102  hypothetical protein  40.43 
 
 		 64 aa  41.6  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.771844  normal  0.72512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1012  hypothetical protein  41.46 
 
 		 71 aa  41.2  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2982  hypothetical protein  44.68 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2961  hypothetical protein  44.68 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38885  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2347  hypothetical protein  44.68 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0908  hypothetical protein  40 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0544029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0966  hypothetical protein  37.04 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2035  hypothetical protein  37.5 
 
 		 65 aa  40.8  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00150259  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3202  hypothetical protein  34.09 
 
 		 61 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0869  protein of unknown function DUF1289  40 
 
 		 70 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.293603  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3396  hypothetical protein  38.78 
 
 		 68 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0264738  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2641  hypothetical protein  35.71 
 
 		 159 aa  40  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>