More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2074 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2074  transcription elongation factor GreA/GreB domain protein  100 
 
 		 125 aa  254  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.175013 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1836  Transcription elongation factor  41.46 
 
 		 125 aa  103  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.513767  hitchhiker  0.000000202056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  32 
 
 		 142 aa  90.5  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1645  GreA/GreB family elongation factor  37.93 
 
 		 134 aa  90.1  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.169822  normal  0.646556 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2193  GreA/GreB family elongation factor  36.97 
 
 		 132 aa  90.1  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0127687  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  36.7 
 
 		 142 aa  88.6  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  37.93 
 
 		 137 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7065  GreA/GreB family elongation factor  37.39 
 
 		 131 aa  87.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  40 
 
 		 141 aa  84.3  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  30.33 
 
 		 142 aa  83.6  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  31.58 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  36.36 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  35.79 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  35.29 
 
 		 138 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.87 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  38.68 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  38.68 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  34.04 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3626  transcription elongation factor  32.76 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.51 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.51 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  33.59 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.06 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  32.81 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  32.81 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  34.07 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  30.08 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  38.39 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  37.38 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  33.04 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3128  GreA/GreB family elongation factor  34.91 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.56 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  30 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4724  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.84 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186623  normal  0.0958356 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.56 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.56 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.21 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.56 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.56 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  33.62 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2621  GreA/GreB family elongation factor  31.71 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.603501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  37.74 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  36 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  37.23 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1684  GreA/GreB family elongation factor  32.79 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  35.56 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  36 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  34.55 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  34.15 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  36 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  40 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  36.56 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  36.56 
 
 		 157 aa  68.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  34.21 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  32.73 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.64 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  38.71 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  33.61 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0287  GreA/GreB family elongation factor  33.91 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000893136  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  29.17 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  32.46 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  32.46 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.65 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  33.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0942  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.24 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286674  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2636  putative regulator of nucleoside diphosphate kinase transcription regulator protein  41.33 
 
 		 134 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.33 
 
 		 136 aa  67  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2297  GreA/GreB family elongation factor  32.79 
 
 		 143 aa  67  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  33.03 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  29.73 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  31.58 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  38.37 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  31.58 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0827  GreA/GreB family elongation factor  39.47 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  33.04 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  32.23 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  31.58 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  27.64 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  31.01 
 
 		 160 aa  63.9  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  31.01 
 
 		 160 aa  63.9  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0578  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.95 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13443  GreA/GreB family elongation factor  34.62 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  36.05 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.95 
 
 		 169 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  31.82 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2490  GreA/GreB family elongation factor  34.74 
 
 		 166 aa  63.5  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>