86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0681 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0681  translation initiation factor IF-1A  100 
 
 		 99 aa  196  9e-50  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0732749 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1256  translation initiation factor IF-1A  83.51 
 
 		 97 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0192  translation initiation factor IF-1A  87.63 
 
 		 97 aa  152  2e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.968309 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0278  translation initiation factor IF-1A  85.42 
 
 		 97 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.685193 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0548  translation initiation factor IF-1A  49.48 
 
 		 102 aa  108  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.221124 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2368  translation initiation factor IF-1A  45.88 
 
 		 96 aa  89  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.529571 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1873  translation initiation factor eIF-1A  42.35 
 
 		 96 aa  84  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0424  translation initiation factor eIF-1A  41.03 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0169  translation initiation factor eIF-1A  40.91 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0057  translation initiation factor eIF-1A  38.82 
 
 		 96 aa  80.1  0.000000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0702  translation initiation factor eIF-1A  40 
 
 		 95 aa  79.3  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.747036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1606  translation initiation factor IF-1A  38.1 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1003  translation initiation factor IF-1A  41.3 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.487118  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0777  S1 IF1 family protein  40 
 
 		 94 aa  78.2  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0748043  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2537  translation initiation factor IF-1A  42.05 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0313207  normal  0.471093 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0655  translation initiation factor IF-1A  48 
 
 		 108 aa  77.4  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0503733  normal  0.160128 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0595  translation initiation factor IF-1A  42.05 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0187  translation initiation factor eIF-1A  42.67 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0570057  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0289  translation initiation factor IF-1A  40 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.110394  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0456  translation initiation factor IF-1A  38.64 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2540  translation initiation factor IF-1A  38.64 
 
 		 115 aa  75.5  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.699879  normal  0.655548 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1625  translation initiation factor IF-1A  40 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1475  translation initiation factor IF-1A  41.11 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1279  translation initiation factor eIF-1A  37.35 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08712  eukaryotic translation initiation factor eIF-1A subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02520)  41.56 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01170  conserved hypothetical protein  38.96 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.697693  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0526  translation initiation factor eIF-1A  43.02 
 
 		 103 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8976  predicted protein  42.17 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.869053  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_8958  translation initiation factor eIF1A  41.56 
 
 		 145 aa  72  0.000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2847  S1 IF1 family protein  35.8 
 
 		 83 aa  68.6  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1849  translation initiation factor IF-1A  33.73 
 
 		 83 aa  67.8  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0438974  normal  0.244993 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1000  S1 IF1 family protein  34.57 
 
 		 83 aa  66.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.275508  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1550  translation initiation factor IF-1A  42.19 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.812328  decreased coverage  0.00000482872 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0400  S1 IF1 family protein  32.53 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1257  translation initiation factor IF-1A  39.71 
 
 		 71 aa  64.3  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0621  translation initiation factor IF-1A  32.95 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_13193  predicted protein  37.66 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_89884  predicted protein  37.66 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.248522  hitchhiker  0.00319635 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2969  translation initiation factor IF-1A  35.29 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1786  translation initiation factor IF-1A  42.86 
 
 		 60 aa  61.6  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0140  translation initiation factor IF-1A  30.68 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1228  translation initiation factor IF-1A  36.76 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0811336 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1938  translation initiation factor IF-1A  33.82 
 
 		 69 aa  57.4  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1348  translation initiation factor eIF-1A  35.06 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.022956 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2160  translation initiation factor IF-1A  41.07 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0156521  normal  0.787294 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2366  translation initiation factor IF-1A  37.5 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.143928  normal  0.0530034 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0138  translation initiation factor eIF-1A  37.66 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0466925 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2378  translation initiation factor IF-1A  36 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0539  translation initiation factor 1  38.75 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.3184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23570  translation initiation factor 1  37.5 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3906  translation initiation factor IF-1  36.76 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0625  translation initiation factor IF-1  35.94 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0646  translation initiation factor IF-1  35.94 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2436  translation initiation factor 1  37.5 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0329  translation initiation factor 1  34.33 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.208578  decreased coverage  0.000347298 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00888  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0959  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483968  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  37.7 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2531  translation initiation factor IF-1  36.07 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132982  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1837  translation initiation factor IF-1  34.92 
 
 		 72 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0378537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>