More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3906 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3906  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 89 aa  181  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466658 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5211  translation initiation factor IF-1  77.65 
 
 		 90 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7886  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4661  translation initiation factor IF-1  83.75 
 
 		 82 aa  141  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0692274  normal  0.0189166 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2034  translation initiation factor IF-1  78.82 
 
 		 88 aa  140  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1670  translation initiation factor IF-1  78.82 
 
 		 88 aa  140  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0981  translation initiation factor IF-1  87.18 
 
 		 85 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.359493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2954  translation initiation factor IF-1  79.52 
 
 		 85 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.119854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4823  translation initiation factor IF-1  84.62 
 
 		 83 aa  139  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.407366  normal  0.359715 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1356  translation initiation factor IF-1  87.18 
 
 		 85 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3132  translation initiation factor IF-1  74.71 
 
 		 87 aa  137  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319222  normal  0.203192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0509  translation initiation factor 1  72.09 
 
 		 87 aa  134  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0775  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 88 aa  131  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0735491  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1086  translation initiation factor IF-1  78.95 
 
 		 85 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.27871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0587  translation initiation factor IF-1  69.14 
 
 		 86 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0539  translation initiation factor 1  80.82 
 
 		 88 aa  127  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.3184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2961  translation initiation factor IF-1  79.45 
 
 		 86 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0227177  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2388  translation initiation factor IF-1  79.45 
 
 		 86 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0646  translation initiation factor IF-1  75.32 
 
 		 89 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0625  translation initiation factor IF-1  75.32 
 
 		 89 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1463  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 87 aa  115  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1067  translation initiation factor IF-1  68.29 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.170499 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5666  translation initiation factor IF-1  68.29 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0662  translation initiation factor 1  67.61 
 
 		 95 aa  114  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4408  translation initiation factor IF-1  69.62 
 
 		 88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3442  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0386884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2174  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 73 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.466444 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5839  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.195419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4463  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3905  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2239  translation initiation factor IF-1  71.83 
 
 		 72 aa  111  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2444  translation initiation factor IF-1  71.83 
 
 		 72 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.546311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2051  translation initiation factor IF-1  71.83 
 
 		 72 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.708179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5742  translation initiation factor IF-1  70.42 
 
 		 73 aa  111  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4360  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0399  translation initiation factor IF-1  58.14 
 
 		 93 aa  111  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5094  translation initiation factor IF-1  68.35 
 
 		 88 aa  111  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3899  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1450  translation initiation factor IF-1  64.37 
 
 		 87 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1792  translation initiation factor IF-1  60.49 
 
 		 94 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3512  translation initiation factor IF-1  60.49 
 
 		 94 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.684385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7021  translation initiation factor IF-1  55.79 
 
 		 96 aa  110  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.037971  normal  0.608799 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2156  translation initiation factor IF-1  71.83 
 
 		 73 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5188  translation initiation factor IF-1  67.61 
 
 		 73 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5765  translation initiation factor IF-1  67.09 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00806393 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4167  translation initiation factor IF-1  63.64 
 
 		 109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1139  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.755906  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1131  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.125919  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2202  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1295  translation initiation factor IF-1  73.24 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5176  translation initiation factor IF-1  66.2 
 
 		 73 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.411739  normal  0.733527 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1058  translation initiation factor IF-1  61.25 
 
 		 98 aa  107  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1057  translation initiation factor IF-1  66.2 
 
 		 73 aa  107  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4193  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 92 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.562224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1740  translation initiation factor IF-1  54.95 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0312  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 93 aa  107  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3704  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 93 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3402  translation initiation factor IF-1  55.56 
 
 		 91 aa  107  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0168888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5430  translation initiation factor IF-1  54.95 
 
 		 92 aa  107  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0989  translation initiation factor IF-1  55.56 
 
 		 91 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0676628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1183  translation initiation factor IF-1  55.56 
 
 		 91 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.219123  normal  0.976132 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1053  translation initiation factor IF-1  55.56 
 
 		 91 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840947 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  70 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4645  translation initiation factor IF-1  56.32 
 
 		 86 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.628153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3205  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 91 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.737724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2139  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  103  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00888  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0959  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2132  translation initiation factor 1  64.79 
 
 		 73 aa  103  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0444568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  9e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2765  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.219281  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1346  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 83 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1285  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 83 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  65.71 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  62.86 
 
 		 77 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3614  translation initiation factor 1  67.14 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000124653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1130  translation initiation factor IF-1  64.29 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0438739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>