54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1218 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1218  rhomboid-like protein  100 
 
 		 192 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01334  Rhomboid-like protein  47.73 
 
 		 179 aa  165  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.902393  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0445  Rhomboid family protein  43.08 
 
 		 199 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0458  Rhomboid family protein  43.08 
 
 		 199 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.365759  normal  0.0342055 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2687  Rhomboid family protein  43.68 
 
 		 195 aa  137  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0637  rhomboid-like protein  40.76 
 
 		 191 aa  133  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00193081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0440  Rhomboid family protein  41.33 
 
 		 194 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0836383  normal  0.594708 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3288  rhomboid family protein  42.6 
 
 		 188 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.419904  normal  0.14136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1694  rhomboid-like protein  40.7 
 
 		 184 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.534876  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3785  rhomboid family protein  39.53 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4537  Rhomboid family protein  36.79 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  39.89 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0267  Rhomboid family protein  36.97 
 
 		 224 aa  108  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1014  Rhomboid family protein  33.83 
 
 		 211 aa  107  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0855  hypothetical protein  34.86 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1699  Rhomboid family protein  35.48 
 
 		 238 aa  106  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0109717  normal  0.288911 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3473  hypothetical protein  36.47 
 
 		 174 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000477638  normal  0.0111497 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2245  Rhomboid family protein  34.67 
 
 		 208 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.927336  normal  0.19661 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05645  hypothetical protein  39.13 
 
 		 243 aa  105  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11367  hypothetical protein  40.61 
 
 		 240 aa  105  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159255  normal  0.565329 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0886  hypothetical protein  34.04 
 
 		 199 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1835  hypothetical protein  37.56 
 
 		 208 aa  104  6e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.210618 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4290  rhomboid family protein  37.57 
 
 		 225 aa  104  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235195 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3833  rhomboid family protein  35.56 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123516 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3847  rhomboid-like protein  35.56 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.706998  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3921  rhomboid family protein  35.56 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2355  rhomboid family protein  38.15 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.481734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1781  rhomboid-like protein protein  41.83 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.138273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0409  rhomboid family protein  41.91 
 
 		 254 aa  99.8  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.48547  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0999  membrane protein-like protein  36.94 
 
 		 214 aa  99  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0810  Rhomboid family protein  36.02 
 
 		 258 aa  98.6  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0870  rhomboid family protein  40.71 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1166  rhomboid family protein  35.98 
 
 		 203 aa  95.9  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.270459  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29150  uncharacterized membrane protein  32.52 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.77593 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0816  rhomboid family protein  38.57 
 
 		 217 aa  93.2  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0338425 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1292  Rhomboid family protein  34.19 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2190  rhomboid-like protein  32.02 
 
 		 256 aa  93.2  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1968  Rhomboid family protein  35.83 
 
 		 209 aa  92  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.579025  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  35.4 
 
 		 242 aa  90.5  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3385  rhomboid family protein  38.24 
 
 		 183 aa  89  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.861601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1238  Rhomboid family protein  34.55 
 
 		 211 aa  81.3  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000294506 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0518  rhomboid family protein  37.88 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0721678 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05140  uncharacterized membrane protein  30.73 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193508  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03495  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  34.59 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17631  rhomboid family protein  42.03 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.97289 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0760  hypothetical protein  38.97 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4037  Rhomboid family protein  32.23 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6253 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1899  hypothetical protein  40.15 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.173429  normal  0.681573 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13471  hypothetical protein  28.5 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 172 aa  42.7  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2134  rhomboid family protein  24.05 
 
 		 198 aa  42  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00873022  decreased coverage  0.000000167975 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13571  hypothetical protein  27.95 
 
 		 200 aa  42  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  31.28 
 
 		 172 aa  41.2  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  32.47 
 
 		 227 aa  41.2  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>