40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_2134 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_2134  rhomboid family protein  100 
 
 
198 aa  393  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00873022  decreased coverage  0.000000167975 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2256  rhomboid-like protein  69.54 
 
 
201 aa  264  5.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0526301 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05140  uncharacterized membrane protein  33.76 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193508  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2687  Rhomboid family protein  33.71 
 
 
195 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0440  Rhomboid family protein  34.27 
 
 
194 aa  64.7  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0836383  normal  0.594708 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0458  Rhomboid family protein  37.97 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.365759  normal  0.0342055 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0445  Rhomboid family protein  37.97 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0999  membrane protein-like protein  31.68 
 
 
214 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0810  Rhomboid family protein  33.53 
 
 
258 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3785  rhomboid family protein  32 
 
 
185 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0870  rhomboid family protein  32.26 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.474351  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1694  rhomboid-like protein  32.17 
 
 
184 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.534876  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3288  rhomboid family protein  30.3 
 
 
188 aa  52.4  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.419904  normal  0.14136 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01334  Rhomboid-like protein  34.03 
 
 
179 aa  52  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.902393  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03495  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  31.47 
 
 
241 aa  51.6  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0267  Rhomboid family protein  31.94 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2245  Rhomboid family protein  33.63 
 
 
208 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.927336  normal  0.19661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3385  rhomboid family protein  32.89 
 
 
183 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.861601 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0637  rhomboid-like protein  28.04 
 
 
191 aa  49.3  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00193081 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4537  Rhomboid family protein  33.06 
 
 
211 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  33.61 
 
 
209 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0409  rhomboid family protein  31.93 
 
 
254 aa  48.5  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.48547  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0518  rhomboid family protein  34.11 
 
 
210 aa  48.5  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0721678 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1014  Rhomboid family protein  31.13 
 
 
211 aa  48.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05645  hypothetical protein  30.99 
 
 
243 aa  48.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0816  rhomboid family protein  35.29 
 
 
217 aa  48.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0338425 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1781  rhomboid-like protein protein  28.74 
 
 
214 aa  47.4  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.138273  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0855  hypothetical protein  32.6 
 
 
199 aa  46.2  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4290  rhomboid family protein  29.73 
 
 
225 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.235195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1166  rhomboid family protein  30.61 
 
 
203 aa  44.7  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.270459  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1218  rhomboid-like protein  23.66 
 
 
192 aa  43.9  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4037  Rhomboid family protein  26.67 
 
 
256 aa  44.3  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.6253 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1699  Rhomboid family protein  32.08 
 
 
238 aa  43.5  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0109717  normal  0.288911 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0886  hypothetical protein  31.87 
 
 
199 aa  42.7  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1968  Rhomboid family protein  32.37 
 
 
209 aa  42  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.579025  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11367  hypothetical protein  31.97 
 
 
240 aa  42  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159255  normal  0.565329 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3833  rhomboid family protein  34.04 
 
 
229 aa  41.6  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123516 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3921  rhomboid family protein  34.04 
 
 
229 aa  41.6  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3847  rhomboid-like protein  34.04 
 
 
229 aa  41.6  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.706998  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1835  hypothetical protein  32.08 
 
 
208 aa  41.2  0.01  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.210618 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>