More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5585 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2926  UDP-glucose dehydrogenase, putative  71 
 
 
442 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0731315  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5585  UDP-glucose 6-dehydrogenase  100 
 
 
442 aa  907    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5105  UDP-glucose 6-dehydrogenase  84.25 
 
 
449 aa  769    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2766  UDP-glucose 6-dehydrogenase  70.78 
 
 
442 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.412534  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2846  nucleotide sugar dehydrogenase  70.09 
 
 
445 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.115045 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  57.66 
 
 
447 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  57.73 
 
 
446 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  58.18 
 
 
440 aa  529  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27790  UDP-glucose 6-dehydrogenase  59.09 
 
 
440 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  56.6 
 
 
448 aa  523  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1968  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  56.35 
 
 
448 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.250179  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2077  nucleotide sugar dehydrogenase  56.35 
 
 
448 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2330  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  56.35 
 
 
448 aa  521  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0299492  normal  0.148756 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  57.66 
 
 
450 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.1 
 
 
448 aa  515  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  55.68 
 
 
449 aa  515  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  56.46 
 
 
443 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  57.5 
 
 
446 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0400  nucleotide sugar dehydrogenase  58.31 
 
 
446 aa  508  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.51 
 
 
447 aa  510  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.26 
 
 
463 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.21 
 
 
449 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2236  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.18 
 
 
452 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0484  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.92 
 
 
446 aa  508  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323264  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0408  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.09 
 
 
446 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.12 
 
 
450 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.33 
 
 
442 aa  500  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1586  putative nucleotide sugar dehydrogenase  55.78 
 
 
464 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  55.81 
 
 
440 aa  500  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.98 
 
 
446 aa  498  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  55.9 
 
 
450 aa  500  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18300  putative nucleotide sugar dehydrogenase  55.56 
 
 
464 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0219649  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2696  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.06 
 
 
464 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108367  normal  0.14753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2848  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.43 
 
 
459 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12150  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.08 
 
 
458 aa  498  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.875801  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  52.93 
 
 
445 aa  492  9.999999999999999e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.38 
 
 
447 aa  493  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2024  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.72 
 
 
450 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  54.07 
 
 
447 aa  487  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1343  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.81 
 
 
440 aa  485  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1280  nucleotide sugar dehydrogenase  53.62 
 
 
445 aa  485  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000077614  normal  0.824571 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.17 
 
 
445 aa  486  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2891  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.16 
 
 
464 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0166748  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  53.17 
 
 
445 aa  479  1e-134  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.36 
 
 
444 aa  472  1e-132  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  51.69 
 
 
445 aa  472  1e-132  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01224  UDP-glucose dehydrogenase  56.19 
 
 
407 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0873171  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  51.36 
 
 
445 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.99 
 
 
440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0783  nucleotide sugar dehydrogenase  51.33 
 
 
454 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.159514 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0854  nucleotide sugar dehydrogenase  51.33 
 
 
454 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1816  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.35 
 
 
453 aa  458  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0913  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.78 
 
 
457 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1284  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.82 
 
 
439 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.583067 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  51.37 
 
 
440 aa  461  9.999999999999999e-129  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.94 
 
 
442 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.37 
 
 
445 aa  457  1e-127  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2878  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.21 
 
 
466 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.104734  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2565  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.88 
 
 
457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208058  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  51.22 
 
 
473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.22 
 
 
473 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1072  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.11 
 
 
457 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2484  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.22 
 
 
473 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1388  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.43 
 
 
442 aa  451  1.0000000000000001e-126  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  48.75 
 
 
440 aa  451  1e-125  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0986  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.33 
 
 
467 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0726  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.33 
 
 
457 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0132255  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0578  nucleotide sugar dehydrogenase  50.44 
 
 
453 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851366  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2323  nucleotide sugar dehydrogenase  50.8 
 
 
440 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.11 
 
 
473 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  49.89 
 
 
454 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2253  nucleotide sugar dehydrogenase  50.99 
 
 
466 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  50.8 
 
 
436 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4164  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.77 
 
 
466 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.65 
 
 
450 aa  441  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000289789  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  50.8 
 
 
435 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.03 
 
 
436 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2997  nucleotide sugar dehydrogenase  49.45 
 
 
467 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.218843  hitchhiker  0.00250768 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0931  nucleotide sugar dehydrogenase  51.43 
 
 
466 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0572  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.98 
 
 
466 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1010  nucleotide sugar dehydrogenase  50.98 
 
 
466 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0727492  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  50.78 
 
 
470 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.78 
 
 
470 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1051  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.98 
 
 
466 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2275  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.55 
 
 
470 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74283  normal  0.168164 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  50.55 
 
 
470 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1642  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.65 
 
 
466 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602201  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.33 
 
 
470 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  50.33 
 
 
470 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0927  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.99 
 
 
466 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749259  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.7 
 
 
445 aa  438  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.33 
 
 
470 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1104  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.77 
 
 
449 aa  436  1e-121  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  47.94 
 
 
437 aa  435  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2245  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.33 
 
 
482 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.807872  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  47.94 
 
 
437 aa  435  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0911  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50 
 
 
449 aa  438  1e-121  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  47.72 
 
 
438 aa  436  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1058  nucleotide sugar dehydrogenase  49.67 
 
 
476 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.23 
 
 
438 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>