More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3595 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3595  Ada regulatory protein  100 
 
 
368 aa  754    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3365  methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase  78.8 
 
 
384 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2938  AraC family transcriptional regulator  63.79 
 
 
357 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2856  transcriptional regulator, AraC family  61.74 
 
 
361 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2570  bifunctional methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase/O-6-methylguanine-DNA transcription regulator  61.77 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2450  transcriptional regulator, AraC family  60.83 
 
 
361 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4239  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  61.74 
 
 
353 aa  434  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577797  normal  0.120321 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4931  AraC family transcriptional regulator  60 
 
 
354 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4134  AraC family transcriptional regulator  57.43 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0607807  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3765  bifunctional DNA-binding transcriptional dual regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase  58.86 
 
 
354 aa  411  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0082  ada regulatory protein  57.02 
 
 
354 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2118  AraC family transcriptional regulator  56.32 
 
 
366 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0669009  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0476  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  56.57 
 
 
361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0368  ada regulatory protein  56.16 
 
 
361 aa  402  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0383  ada regulatory protein  56.45 
 
 
361 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3190  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  58.09 
 
 
358 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0793  transcriptional regulator, AraC family  55.56 
 
 
376 aa  393  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0138198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37190  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  60.31 
 
 
358 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320795  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1042  AraC family transcriptional regulator  58.29 
 
 
370 aa  391  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.826547  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0706  adaptive response regulator protein  55.3 
 
 
350 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.998073  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0740  AraC family transcriptional regulator  55.87 
 
 
350 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0739  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  55.91 
 
 
350 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1536  transcriptional regulator, AraC family  55.78 
 
 
366 aa  388  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.26366 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0501  transcriptional regulator, AraC family  57.7 
 
 
374 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3753  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  56.42 
 
 
363 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.2777  normal  0.322377 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1027  transcriptional regulator, AraC family  53.49 
 
 
359 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4477  AraC family transcriptional regulator  56.2 
 
 
350 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3551  AraC family transcriptional regulator  58.95 
 
 
369 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0783013  normal  0.874169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4835  transcriptional regulator, AraC family  55.73 
 
 
360 aa  364  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0179003  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46280  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  56.27 
 
 
355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1307  transcriptional regulator, AraC family  52.1 
 
 
357 aa  349  5e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1127  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  52.89 
 
 
351 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.836162  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4318  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  55.11 
 
 
380 aa  324  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1437  AraC family transcriptional regulator  46.51 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.195699 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0727  regulatory protein Ada  46.51 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.166972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2362  regulatory protein Ada  46.51 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.960218  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3351  regulatory protein Ada  46.51 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.212963  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02140  fused DNA-binding transcriptional dual regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase  46.8 
 
 
354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.581837  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02099  hypothetical protein  46.8 
 
 
354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2512  regulatory protein Ada  46.22 
 
 
354 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0107303  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1445  transcriptional regulator, AraC family  46.22 
 
 
354 aa  319  5e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.29559  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6249  methylated-DNA/protein- cysteinemethyltransferase  52.65 
 
 
388 aa  319  5e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2352  regulatory protein Ada  46.22 
 
 
354 aa  318  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.970088  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2793  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  47.54 
 
 
354 aa  315  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.986339  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4687  transcriptional regulator, AraC family  54.18 
 
 
361 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2608  regulatory protein ada  46.72 
 
 
352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.669578 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2491  regulatory protein ada  46.44 
 
 
353 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0076  adaptative response regulatory protein Ada  53.53 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2505  regulatory protein ada  46.44 
 
 
352 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.899315  hitchhiker  0.000630655 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2449  regulatory protein ada  46.44 
 
 
352 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0458356 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2401  regulatory protein ada  46.44 
 
 
352 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00982046  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3088  AraC family transcriptional regulator  46.11 
 
 
376 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000118536  hitchhiker  0.0000000000000798373 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3145  AraC family transcriptional regulator  44.77 
 
 
365 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000198948  unclonable  0.00000000000612342 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2396  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  46.36 
 
 
343 aa  293  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2772  transcriptional regulator, AraC family  53.76 
 
 
313 aa  291  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353019  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6508  bifunctional DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  43.6 
 
 
363 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000013299  normal  0.0946299 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0085  ADA regulatory protein  44.06 
 
 
364 aa  285  9e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000911419  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0116  regulatory protein ada (regulatory protein of adaptative response)  44.32 
 
 
364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000327978  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0322  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  44.32 
 
 
364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000161378  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2300  regulatory protein ada (regulatory protein of adaptative response)  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000121844  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0115  ADA regulatory protein  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000393468  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2836  ADA regulatory protein  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994394  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2323  ADA regulatory protein  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0132  ADA regulatory protein  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622499  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2249  ADA regulatory protein  44.03 
 
 
364 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000255362  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3205  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 
380 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000040374  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3171  AraC family transcriptional regulator  43.31 
 
 
363 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000719173  decreased coverage  0.000000135353 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2539  AraC family transcriptional regulator  43.31 
 
 
363 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000057895  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3152  AraC family transcriptional regulator  43.31 
 
 
363 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000475647  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3089  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 
363 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000381417  hitchhiker  0.0021619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0834  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  44.58 
 
 
340 aa  272  7e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3955  transcriptional regulator, AraC family  43.8 
 
 
391 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000156521  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2162  AraC family transcriptional regulator  53.36 
 
 
306 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235913  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4734  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  65.38 
 
 
240 aa  258  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4482  AraC family transcriptional regulator  43.38 
 
 
401 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221745  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2282  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 
345 aa  253  3e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1283  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  38.12 
 
 
344 aa  249  8e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1950  transcriptional regulator, AraC family  45.98 
 
 
338 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0991  methylated-DNA/protein- cysteinemethyltransferase  42.05 
 
 
295 aa  226  4e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.275505  normal  0.265908 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2104  methylated-DNA-(protein)-cysteine S-methyltransferase  65.85 
 
 
211 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2956  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  39.69 
 
 
303 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1575  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  34.06 
 
 
282 aa  183  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1946  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 
282 aa  177  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.609227  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4920  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  52.33 
 
 
197 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4925  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  51.19 
 
 
186 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0721  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  35.11 
 
 
279 aa  169  7e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2566  putative methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  52 
 
 
171 aa  169  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2345  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0549  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 
289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2158  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  31.56 
 
 
360 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267601  normal  0.69653 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1493  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  35.83 
 
 
276 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2395  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 
300 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.374624  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4048  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  51.55 
 
 
241 aa  160  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.785924  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0565  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 
286 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2299  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 
284 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.015219  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17760  putative methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  32.4 
 
 
357 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0948  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 
275 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2691  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  35.56 
 
 
297 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0891  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 
280 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0066  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  30.92 
 
 
357 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  decreased coverage  0.00876972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>