More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3088 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_3088  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
376 aa  764    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000118536  hitchhiker  0.0000000000000798373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4482  AraC family transcriptional regulator  81.79 
 
 
401 aa  551  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221745  unclonable  0.0000015212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3955  transcriptional regulator, AraC family  74.93 
 
 
391 aa  550  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000156521  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0115  ADA regulatory protein  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000393468  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2836  ADA regulatory protein  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994394  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2300  regulatory protein ada (regulatory protein of adaptative response)  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000121844  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2323  ADA regulatory protein  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000161007  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2249  ADA regulatory protein  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000255362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0116  regulatory protein ada (regulatory protein of adaptative response)  72.53 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000327978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0132  ADA regulatory protein  72.8 
 
 
364 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622499  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0322  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  72.25 
 
 
364 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000161378  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0085  ADA regulatory protein  73.3 
 
 
364 aa  533  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3145  AraC family transcriptional regulator  72.85 
 
 
365 aa  521  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000198948  unclonable  0.00000000000612342 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3089  AraC family transcriptional regulator  73.16 
 
 
363 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000381417  hitchhiker  0.0021619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3205  AraC family transcriptional regulator  73.16 
 
 
380 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000040374  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6508  bifunctional DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  70.47 
 
 
363 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000013299  normal  0.0946299 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3171  AraC family transcriptional regulator  72.52 
 
 
363 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000719173  decreased coverage  0.000000135353 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2539  AraC family transcriptional regulator  71.59 
 
 
363 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000057895  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3152  AraC family transcriptional regulator  71.59 
 
 
363 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000475647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0793  transcriptional regulator, AraC family  45.92 
 
 
376 aa  331  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0138198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1027  transcriptional regulator, AraC family  46.7 
 
 
359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02140  fused DNA-binding transcriptional dual regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase  48.15 
 
 
354 aa  325  7e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.581837  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02099  hypothetical protein  48.15 
 
 
354 aa  325  7e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3351  regulatory protein Ada  47.58 
 
 
354 aa  325  9e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.212963  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0727  regulatory protein Ada  47.58 
 
 
354 aa  324  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.166972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1445  transcriptional regulator, AraC family  47.58 
 
 
354 aa  323  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.29559  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2362  regulatory protein Ada  47.58 
 
 
354 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.960218  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2352  regulatory protein Ada  47.86 
 
 
354 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.970088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1437  AraC family transcriptional regulator  47.29 
 
 
354 aa  322  7e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.195699 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2512  regulatory protein Ada  47.29 
 
 
354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0107303  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2856  transcriptional regulator, AraC family  46.24 
 
 
361 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4239  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  48.25 
 
 
353 aa  320  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577797  normal  0.120321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0501  transcriptional regulator, AraC family  51.45 
 
 
374 aa  319  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1042  AraC family transcriptional regulator  51.56 
 
 
370 aa  318  7e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.826547  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2450  transcriptional regulator, AraC family  46.59 
 
 
361 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0082  ada regulatory protein  44.61 
 
 
354 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0476  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  45.04 
 
 
361 aa  309  5e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4134  AraC family transcriptional regulator  44.31 
 
 
354 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0607807  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0740  AraC family transcriptional regulator  46.97 
 
 
350 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3365  methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase  45.48 
 
 
384 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2570  bifunctional methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase/O-6-methylguanine-DNA transcription regulator  45.89 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3765  bifunctional DNA-binding transcriptional dual regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase  46.86 
 
 
354 aa  301  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1307  transcriptional regulator, AraC family  47.97 
 
 
357 aa  301  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3595  Ada regulatory protein  46.11 
 
 
368 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1536  transcriptional regulator, AraC family  47.11 
 
 
366 aa  301  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.26366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4835  transcriptional regulator, AraC family  47.94 
 
 
360 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0179003  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0383  ada regulatory protein  44.23 
 
 
361 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0368  ada regulatory protein  43.94 
 
 
361 aa  298  8e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0739  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  46.11 
 
 
350 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3551  AraC family transcriptional regulator  50.3 
 
 
369 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0783013  normal  0.874169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4477  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 
350 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2938  AraC family transcriptional regulator  45.06 
 
 
357 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0706  adaptive response regulator protein  45.53 
 
 
350 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.998073  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2608  regulatory protein ada  46.11 
 
 
352 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.669578 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2118  AraC family transcriptional regulator  42.13 
 
 
366 aa  290  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0669009  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2491  regulatory protein ada  46.11 
 
 
353 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2449  regulatory protein ada  46.11 
 
 
352 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0458356 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2505  regulatory protein ada  46.11 
 
 
352 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.899315  hitchhiker  0.000630655 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3753  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  47.93 
 
 
363 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.2777  normal  0.322377 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2401  regulatory protein ada  45.82 
 
 
352 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00982046  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4931  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 
354 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0834  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  46.06 
 
 
340 aa  288  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2793  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  45.69 
 
 
354 aa  287  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.986339  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4687  transcriptional regulator, AraC family  48.27 
 
 
361 aa  285  8e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37190  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  46.24 
 
 
358 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320795  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4318  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  47.98 
 
 
380 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1283  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  43.45 
 
 
344 aa  282  7.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1127  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  46.51 
 
 
351 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.836162  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2396  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  45.13 
 
 
343 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3190  O6-methylguanine-DNA methyltransferase  44.94 
 
 
358 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46280  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  49.41 
 
 
355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2282  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 
345 aa  269  7e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0991  methylated-DNA/protein- cysteinemethyltransferase  50.53 
 
 
295 aa  266  5e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.275505  normal  0.265908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6249  methylated-DNA/protein- cysteinemethyltransferase  42.18 
 
 
388 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2956  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  44.32 
 
 
303 aa  227  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2772  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 
313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353019  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1950  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 
338 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1108  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  34.66 
 
 
348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000971871  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0076  adaptative response regulatory protein Ada  40.15 
 
 
273 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0849  ADA regulatory protein  35.1 
 
 
351 aa  204  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1156  hypothetical protein  33.92 
 
 
356 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0019  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  35.94 
 
 
360 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0045  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  35.86 
 
 
348 aa  196  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.218349  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1152  hypothetical protein  34.21 
 
 
356 aa  196  6e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2158  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  34.23 
 
 
360 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267601  normal  0.69653 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2162  AraC family transcriptional regulator  43.01 
 
 
306 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235913  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1745  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  32.29 
 
 
351 aa  188  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00607574  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0128  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  34.5 
 
 
361 aa  186  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3288  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  35.51 
 
 
351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.575953  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0889  ada regulatory protein, putative  36.16 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0549  transcriptional regulator, AraC family  38.01 
 
 
289 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1546  putative methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  37.43 
 
 
357 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.939179  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3024  ADA regulatory protein  40 
 
 
287 aa  180  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.697686  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0833  putative ada regulatory protein  35.59 
 
 
350 aa  180  4.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0286  hypothetical protein  30.29 
 
 
352 aa  178  1e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0450605 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0234  methylated-DNA/protein-cysteine methyltransferase  33.72 
 
 
354 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1575  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  34.31 
 
 
282 aa  177  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17760  putative methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  36.78 
 
 
357 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2682  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / transcriptional regulator Ada  35.06 
 
 
354 aa  177  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100688  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3879  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  36.8 
 
 
293 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.612619  normal  0.1278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>