More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3546 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3546  small multidrug resistance protein  100 
 
 		 108 aa  214  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3717  small multidrug resistance protein  93.52 
 
 		 108 aa  206  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1079  small multidrug resistance protein  44.86 
 
 		 112 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1535  small multidrug resistance protein  44.86 
 
 		 112 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1559  small multidrug resistance protein  44.86 
 
 		 112 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4701  small multidrug resistance protein  43.93 
 
 		 112 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1673  small multidrug resistance protein  44.86 
 
 		 112 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.107144 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1481  small multidrug resistance protein  42.06 
 
 		 112 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1460  small multidrug resistance protein  42.06 
 
 		 112 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1832  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.935098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1730  SMR family multidrug efflux pump  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1245  SMR family multidrug efflux pump  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1984  SMR family multidrug efflux pump  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1815  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.701999  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0774  SMR family multidrug efflux pump  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0388  SMR family multidrug efflux pump  41.12 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2505  SMR family multidrug efflux pump  41.67 
 
 		 112 aa  102  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2543  small multidrug resistance protein  43.93 
 
 		 109 aa  100  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.544067  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2603  small multidrug resistance protein  39.62 
 
 		 110 aa  99  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0883  small multidrug resistance protein  43.81 
 
 		 110 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.034297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1027  small multidrug resistance protein  43.81 
 
 		 110 aa  99.4  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.927874  normal  0.0571856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3545  small multidrug resistance protein  42.2 
 
 		 138 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1735  small multidrug resistance protein  40.19 
 
 		 112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2502  quaternary ammonium efflux pump, 4 TMS small multidrug resistance (SMR) family, GacE  38.32 
 
 		 112 aa  96.7  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.85484  normal  0.536214 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1659  small multidrug resistance protein  38.46 
 
 		 112 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119593  normal  0.110471 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1804  multidrug resistance protein, SMR family protein  40.95 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1914  small multidrug resistance protein  40.95 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2364  small multidrug resistance protein  42.86 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2208  quaternary ammonium compound-resistance protein  40.95 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.831863  normal  0.342211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3716  small multidrug resistance protein  41.28 
 
 		 138 aa  94.4  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0072  small multidrug resistance protein  41.12 
 
 		 110 aa  94.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.271794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0921  quaternary ammonium compound-resistance protein  41.75 
 
 		 110 aa  93.6  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0928  quaternary ammonium compound-resistance protein  41.75 
 
 		 110 aa  93.6  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.117588  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2259  small multidrug resistance protein  45 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.646833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1061  small multidrug resistance protein  40.57 
 
 		 116 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2257  small multidrug resistance protein  36.19 
 
 		 110 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.709004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2328  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1617  small multidrug resistance protein  36.19 
 
 		 110 aa  90.1  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3102  small multidrug resistance protein  42.16 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1236  small multidrug resistance protein  39.81 
 
 		 109 aa  88.6  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0062  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  42.06 
 
 		 110 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.766173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4701  small multidrug resistance protein  39.22 
 
 		 111 aa  87.8  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3228  multidrug efflux protein  38.68 
 
 		 110 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0308245  hitchhiker  0.000780201 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1576  small multidrug resistance protein  41.51 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554715  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2787  small multidrug resistance protein  35.85 
 
 		 110 aa  87  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0231795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1603  multidrug efflux protein  38.68 
 
 		 110 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000352426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2036  multidrug efflux protein  37.74 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0450  small multidrug resistance protein  38.61 
 
 		 109 aa  86.3  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.724767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0813  multidrug efflux protein  37.74 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.109831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5038  small multidrug resistance protein  36.79 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0352813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0601  small multidrug resistance protein  39.22 
 
 		 109 aa  85.9  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.94236  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0657  small multidrug resistance protein  38.83 
 
 		 113 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1826  small multidrug resistance protein  38.83 
 
 		 109 aa  84.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  0.470725 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2779  multidrug resistance protein  41.41 
 
 		 110 aa  84  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2946  small multidrug resistance protein  38.83 
 
 		 109 aa  84  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3321  small multidrug resistance protein  37.86 
 
 		 111 aa  83.6  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00184251  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0708  multidrug resistance protein  36.79 
 
 		 110 aa  83.6  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500426  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3009  small multidrug resistance protein  36.54 
 
 		 109 aa  83.6  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00493  multidrug efflux protein  36.79 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0613  small multidrug resistance protein  41.51 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.375677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1234  small multidrug resistance protein  34.95 
 
 		 113 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0802  quaternary ammonium compound-resistance protein  37.25 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00498  hypothetical protein  36.79 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.95244  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0871  small multidrug resistance protein  36.63 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0437  small multidrug resistance protein  36.54 
 
 		 113 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.453624  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1501  multidrug transporter EmrE  38.1 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21028  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0488  small multidrug resistance protein  34.91 
 
 		 110 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0280081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2350  putative methyl viologen/ethidium resistance transmembrane protein  37.37 
 
 		 114 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000392235  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1684  multidrug transporter EmrE  38.1 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.487331  normal  0.0413845 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0118  small multidrug resistance protein  37.86 
 
 		 109 aa  80.9  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1772  multidrug transporter EmrE  38.1 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.132035 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1835  multidrug transporter EmrE  38.1 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.997367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1774  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  38.1 
 
 		 112 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324074  normal  0.0937038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2802  multidrug resistance protein, SMR family  34.31 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2428  small multidrug resistance protein  34.31 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0107845  hitchhiker  0.000083233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3008  small multidrug resistance protein  34.78 
 
 		 113 aa  79.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3466  small multidrug resistance protein  36.56 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2887  small multidrug resistance protein  39.29 
 
 		 110 aa  79  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.014423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4802  small multidrug resistance protein  32.08 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4930  small multidrug resistance protein  32.08 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.984602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0150  quaternary ammonium compound-resistance protein QacEdelta1  39.58 
 
 		 115 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.928712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0828  small multidrug resistance protein  37.25 
 
 		 109 aa  78.2  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.251219  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1584  multidrug efflux protein  38.78 
 
 		 153 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.339035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4979  small multidrug resistance protein  32.08 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.174415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3289  small multidrug resistance protein  33.33 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003631  quaternary ammonium compound-resistance protein  37.25 
 
 		 118 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3259  small multidrug resistance protein  33.7 
 
 		 113 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4057  small multidrug resistance protein  34.02 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.797471  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0536  small multidrug resistance protein  32.08 
 
 		 110 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.568122  normal  0.0651219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0541  small multidrug resistance protein  33.96 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.730216  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0731  small multidrug efflux pump  34.65 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1769  small multidrug resistance protein  34.34 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02486  hypothetical protein  40 
 
 		 117 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6952  small multidrug resistance protein  36.54 
 
 		 109 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06909  hypothetical protein  40.82 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1884  small multidrug resistance protein  35.64 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1516  small multidrug resistance protein  36.54 
 
 		 109 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1638  efflux-multidrug resistance protein  34.02 
 
 		 109 aa  74.7  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.381762  hitchhiker  0.000000419533 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0271  small multidrug resistance protein  36.36 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1088  small multidrug resistance protein  34.31 
 
 		 109 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>