More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4979 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4979  small multidrug resistance protein  100 
 
 
110 aa  210  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.174415  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4930  small multidrug resistance protein  97.27 
 
 
110 aa  207  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.984602  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4802  small multidrug resistance protein  96.36 
 
 
110 aa  205  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123188  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0536  small multidrug resistance protein  94.55 
 
 
110 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.568122  normal  0.0651219 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0488  small multidrug resistance protein  84.55 
 
 
110 aa  188  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0280081  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4979  multidrug resistance protein  77.27 
 
 
110 aa  173  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0541  small multidrug resistance protein  75.45 
 
 
110 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.730216  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0613  small multidrug resistance protein  73.64 
 
 
110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.375677  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0883  small multidrug resistance protein  60 
 
 
110 aa  137  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.034297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1027  small multidrug resistance protein  60 
 
 
110 aa  137  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.927874  normal  0.0571856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2603  small multidrug resistance protein  57.27 
 
 
110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5725  SMR multidrug efflux transporter  65.45 
 
 
110 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4701  small multidrug resistance protein  57.94 
 
 
111 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65990  SMR multidrug efflux transporter  64.55 
 
 
110 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00317706  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2328  small multidrug resistance protein  57.01 
 
 
113 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2208  quaternary ammonium compound-resistance protein  55.45 
 
 
110 aa  121  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.831863  normal  0.342211 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1804  multidrug resistance protein, SMR family protein  55.45 
 
 
110 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1914  small multidrug resistance protein  55.45 
 
 
110 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2787  small multidrug resistance protein  54.55 
 
 
110 aa  120  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0231795  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1617  small multidrug resistance protein  55.45 
 
 
110 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2502  quaternary ammonium efflux pump, 4 TMS small multidrug resistance (SMR) family, GacE  55.45 
 
 
112 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.85484  normal  0.536214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3102  small multidrug resistance protein  53.7 
 
 
109 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2257  small multidrug resistance protein  55.45 
 
 
110 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.709004  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2364  small multidrug resistance protein  53.64 
 
 
110 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0928  quaternary ammonium compound-resistance protein  50.91 
 
 
110 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.117588  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0921  quaternary ammonium compound-resistance protein  50.91 
 
 
110 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5038  small multidrug resistance protein  53.21 
 
 
111 aa  117  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0352813  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0601  small multidrug resistance protein  51.92 
 
 
109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.94236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2259  small multidrug resistance protein  50.91 
 
 
110 aa  114  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.646833  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1735  small multidrug resistance protein  54.21 
 
 
112 aa  114  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.512755  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4701  small multidrug resistance protein  51.82 
 
 
112 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.627946  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3009  small multidrug resistance protein  53.33 
 
 
109 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1815  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.701999  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1245  SMR family multidrug efflux pump  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1984  SMR family multidrug efflux pump  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1832  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.935098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1535  small multidrug resistance protein  51.82 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1079  small multidrug resistance protein  51.82 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0774  SMR family multidrug efflux pump  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1730  SMR family multidrug efflux pump  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1559  small multidrug resistance protein  51.82 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0388  SMR family multidrug efflux pump  52.73 
 
 
112 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0062  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  50 
 
 
110 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.766173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0450  small multidrug resistance protein  54.21 
 
 
109 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.724767 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1769  small multidrug resistance protein  53.7 
 
 
109 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1460  small multidrug resistance protein  50.91 
 
 
112 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3321  small multidrug resistance protein  52.34 
 
 
111 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00184251  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1481  small multidrug resistance protein  50.91 
 
 
112 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1061  small multidrug resistance protein  51.82 
 
 
116 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1774  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  52.29 
 
 
112 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324074  normal  0.0937038 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2505  SMR family multidrug efflux pump  53.27 
 
 
112 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1673  small multidrug resistance protein  50.91 
 
 
112 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.107144 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1835  multidrug transporter EmrE  51.38 
 
 
112 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.997367  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2428  small multidrug resistance protein  51.4 
 
 
109 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0107845  hitchhiker  0.000083233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1684  multidrug transporter EmrE  51.38 
 
 
112 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.487331  normal  0.0413845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2350  putative methyl viologen/ethidium resistance transmembrane protein  46.36 
 
 
114 aa  111  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000392235  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1501  multidrug transporter EmrE  51.38 
 
 
112 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21028  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1772  multidrug transporter EmrE  51.38 
 
 
112 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.132035 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2802  multidrug resistance protein, SMR family  51.4 
 
 
109 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1236  small multidrug resistance protein  46.73 
 
 
109 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0072  small multidrug resistance protein  50 
 
 
110 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.271794  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2946  small multidrug resistance protein  49.53 
 
 
109 aa  110  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2543  small multidrug resistance protein  53.77 
 
 
109 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.544067  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1659  small multidrug resistance protein  51.4 
 
 
112 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119593  normal  0.110471 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0802  quaternary ammonium compound-resistance protein  50.96 
 
 
108 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0871  small multidrug resistance protein  50 
 
 
114 aa  105  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2779  multidrug resistance protein  48.6 
 
 
110 aa  104  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02486  hypothetical protein  47.12 
 
 
117 aa  104  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0437  small multidrug resistance protein  47.66 
 
 
113 aa  104  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.453624  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0708  multidrug resistance protein  46.36 
 
 
110 aa  103  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500426  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2036  multidrug efflux protein  49.09 
 
 
110 aa  103  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2072  small multidrug resistance protein  48.15 
 
 
114 aa  103  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1826  small multidrug resistance protein  52.34 
 
 
109 aa  103  9e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  0.470725 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003631  quaternary ammonium compound-resistance protein  44.23 
 
 
118 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1603  multidrug efflux protein  48.18 
 
 
110 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000352426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0813  multidrug efflux protein  48.18 
 
 
110 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.109831  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3228  multidrug efflux protein  48.18 
 
 
110 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0308245  hitchhiker  0.000780201 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0731  small multidrug efflux pump  48.15 
 
 
114 aa  101  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0118  small multidrug resistance protein  46.73 
 
 
109 aa  101  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1973  small multidrug resistance protein  52.34 
 
 
109 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3008  small multidrug resistance protein  48.6 
 
 
113 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4057  small multidrug resistance protein  45.54 
 
 
112 aa  100  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.797471  normal  0.668736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00493  multidrug efflux protein  47.27 
 
 
110 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3259  small multidrug resistance protein  48.6 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00498  hypothetical protein  47.27 
 
 
110 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.95244  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1638  efflux-multidrug resistance protein  45.63 
 
 
109 aa  98.6  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.381762  hitchhiker  0.000000419533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3466  small multidrug resistance protein  46.36 
 
 
110 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0150  quaternary ammonium compound-resistance protein QacEdelta1  47.37 
 
 
115 aa  97.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.928712  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1584  multidrug efflux protein  47.37 
 
 
153 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.339035  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1110  small multidrug resistance protein  50.93 
 
 
109 aa  96.3  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200886  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0828  small multidrug resistance protein  47.66 
 
 
109 aa  95.5  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.251219  normal  0.653712 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1234  small multidrug resistance protein  40.37 
 
 
113 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1088  small multidrug resistance protein  45.79 
 
 
109 aa  95.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5493  small multidrug resistance protein  43.12 
 
 
114 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.659529  normal  0.39797 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2512  small multidrug resistance protein  43.27 
 
 
108 aa  90.9  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.890082  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1576  small multidrug resistance protein  43.64 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554715  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00740  multidrug efflux SMR transporter  45.56 
 
 
90 aa  90.1  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0986  small multidrug resistance protein  42.73 
 
 
291 aa  89.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.169673  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0657  small multidrug resistance protein  43.93 
 
 
113 aa  89  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2887  small multidrug resistance protein  45.45 
 
 
110 aa  88.2  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.014423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>