52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2600 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2600  anti-sigma28 factor FlgM  100 
 
 		 98 aa  192  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275979  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1866  anti-sigma28 factor FlgM  96.91 
 
 		 98 aa  184  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.625081  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1551  anti-sigma28 factor FlgM  73.2 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2327  anti-sigma28 factor FlgM  66.32 
 
 		 100 aa  120  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.41233  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1996  anti-sigma28 factor FlgM  66.32 
 
 		 100 aa  120  7e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2427  anti-sigma28 factor FlgM  66.32 
 
 		 100 aa  120  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.111558  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2972  anti-sigma28 factor FlgM  67.74 
 
 		 108 aa  120  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.37231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1284  anti-sigma28 factor FlgM  59.18 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.281366  normal  0.146528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1269  anti-sigma28 factor FlgM  59.18 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0199272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1240  anti-sigma28 factor FlgM  59.18 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.140195 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2016  anti-sigma28 factor FlgM  59.18 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2200  anti-sigma28 factor FlgM  59.18 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1585  anti-sigma28 factor FlgM  56.57 
 
 		 115 aa  105  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2575  anti-sigma-28 factor, FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.420972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2529  anti-sigma28 factor FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.491687  normal  0.0344383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1450  anti-sigma28 factor FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147232 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1194  anti-sigma28 factor FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1194  anti-sigma28 factor FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01075  hypothetical protein  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01067  anti-sigma factor for FliA (sigma 28)  59.78 
 
 		 97 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1523  anti-sigma-28 factor, FlgM  53.19 
 
 		 97 aa  95.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2058  anti-sigma28 factor FlgM  59.78 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.165271 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2255  anti-sigma28 factor FlgM  47.66 
 
 		 113 aa  87  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1980  anti-sigma-28 factor, FlgM  39.58 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3796  anti-sigma-28 factor, FlgM  55.56 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.921375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0138  anti-sigma-28 factor, FlgM  54.17 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923498 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2946  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.84 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3022  anti-sigma-28 factor, FlgM  34.62 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3716  anti-sigma-28 factor, FlgM  52.27 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.452554  normal  0.254374 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2926  anti-sigma-28 factor, FlgM  46.15 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4793  anti-sigma-28 factor, FlgM  52.27 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288122 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0340  negative regulator of flagellin synthesis (anti-sigma-28 factor) protein  50 
 
 		 106 aa  47.4  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.284409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0238  negative regulator of flagellin synthesis FlgM, putative  42.31 
 
 		 114 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0276  flagellar biosynthesis regulator protein FlgM  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3322  negative regulator of flagellin synthesis FlgM, putative  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0264  flagellar biosynthesis regulator protein FlgM  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0460  negative regulator of flagellin synthesis  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3357  putative negative regulator of flagellin synthesis FlgM  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.456882  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2102  putative negative regulator of flagellin synthesis FlgM  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0635  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  33.78 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2991  putative negative regulator of flagellin synthesis FlgM  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4598  anti-sigma-28 factor, FlgM  37.5 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.713529  normal  0.15799 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2937  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  40.68 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.345651  normal  0.266234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3072  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  40.68 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5623  anti-sigma-28 factor, FlgM  36.25 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1213  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  32.43 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3046  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  33.66 
 
 		 108 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15834 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2413  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  33.66 
 
 		 109 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3027  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  33.66 
 
 		 109 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.290986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0747  hypothetical protein  36.36 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6373  putative anti-sigma-28 factor, FlgM  43.9 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3075  negative regulator of flagellin synthesis (anti-s28 factor)  43.14 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.461461 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>