35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0110 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0110  hypothetical protein  100 
 
 		 155 aa  320  5e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4797  hypothetical protein  97.42 
 
 		 155 aa  314  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0235215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0096  hypothetical protein  87.5 
 
 		 166 aa  281  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0492  hypothetical protein  87.5 
 
 		 166 aa  280  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.687324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0509  hypothetical protein  59.4 
 
 		 169 aa  174  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.838827  normal  0.0478661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0472  hypothetical protein  55.64 
 
 		 169 aa  166  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.544597  normal  0.519026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0438  hypothetical protein  55.64 
 
 		 169 aa  166  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2699  PAS fold-4 domain protein  58.73 
 
 		 248 aa  164  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4708  putative PAS/PAC sensor protein  52.71 
 
 		 243 aa  147  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.320427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0753  putative PAS/PAC sensor protein  51.16 
 
 		 237 aa  138  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  50.43 
 
 		 602 aa  129  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 		 725 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 		 907 aa  95.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  34.96 
 
 		 744 aa  91.3  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 1261 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0899  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 491 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0517319 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1559 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  26.56 
 
 		 301 aa  50.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1976  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.61 
 
 		 461 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.178847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 		 1171 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 1103 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25 
 
 		 458 aa  45.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 464 aa  46.2  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25 
 
 		 459 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  29.66 
 
 		 1092 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.06 
 
 		 297 aa  45.4  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.97 
 
 		 977 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.03 
 
 		 325 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 494 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.02 
 
 		 1359 aa  42.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.98 
 
 		 305 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 		 709 aa  41.6  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1190  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 746 aa  41.6  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 840 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 		 1171 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135263 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>