44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3901 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3469  putative site-specific recombinase transmembrane protein  59.71 
 
 		 700 aa  657    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3901  putative site-specific recombinase transmembrane protein  100 
 
 		 694 aa  1367    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0436  putative site-specific recombinase transmembrane protein  51.26 
 
 		 663 aa  561  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27543 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0530  putative site-specific recombinase transmembrane protein  49.56 
 
 		 684 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0359  putative site-specific recombinase transmembrane protein  49.93 
 
 		 660 aa  536  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3662  putative site-specific recombinase transmembrane protein  46.36 
 
 		 654 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0348  putative site-specific recombinase transmembrane protein  49.78 
 
 		 660 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0876893  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0492  putative site-specific recombinase transmembrane protein  47.55 
 
 		 656 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4468  putative site-specific recombinase transmembrane protein  47.99 
 
 		 657 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0720  putative site-specific recombinase transmembrane protein  48.45 
 
 		 655 aa  515  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1056  putative site-specific recombinase transmembrane protein  41.56 
 
 		 705 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0715578  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0942  putative site-specific recombinase transmembrane protein  41.97 
 
 		 694 aa  456  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.145069 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0877  putative site-specific recombinase transmembrane protein  42.75 
 
 		 694 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.104417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1012  putative site-specific recombinase transmembrane protein  41.3 
 
 		 696 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.644984 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1023  putative site-specific recombinase transmembrane protein  40.36 
 
 		 703 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.926056  normal  0.592134 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2558  putative membrane proten  38.52 
 
 		 705 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3377  putative membrane proten  39.02 
 
 		 705 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1151  putative membrane proten  38.52 
 
 		 705 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0289  putative membrane proten  38.52 
 
 		 705 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3343  site-specific recombinase  38.38 
 
 		 705 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3386  hypothetical protein  38.88 
 
 		 705 aa  415  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1266  hypothetical protein  39.07 
 
 		 704 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.942074  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2676  site-specific recombinase-like protein  39.52 
 
 		 728 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.680243  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2375  membrane proten, putative  39.24 
 
 		 624 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.552217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0599  site-specific recombinase-like protein  38.72 
 
 		 707 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0624  site-specific recombinase-like protein  38.99 
 
 		 707 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.232961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4002  putative site-specific recombinase transmembrane protein  36.54 
 
 		 722 aa  379  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0225  site-specific recombinase-like  37.89 
 
 		 704 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277689  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0709  site-specific recombinase-like protein  37.89 
 
 		 704 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3796  site-specific recombinase-like  38.24 
 
 		 707 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.279951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0676  site-specific recombinase-like protein  38.09 
 
 		 704 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2054  putative site-specific recombinase transmembrane protein  31.2 
 
 		 706 aa  263  6e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0576  putative site-specific recombinase, prophage insertion  30.08 
 
 		 682 aa  252  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000232694  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0910  site-specific recombinase-like protein  27.21 
 
 		 810 aa  249  9e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0375775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1604  hypothetical protein  32.2 
 
 		 679 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0288386  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1454  putative site-specific recombinase  28.48 
 
 		 826 aa  232  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0963  site-specific recombinase  27.68 
 
 		 826 aa  230  7e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.482047  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0607  site-specific recombinase  30.68 
 
 		 669 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.248138  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1665  site-specific recombinase Gcr  31.05 
 
 		 673 aa  228  4e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.287576  normal  0.977345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0463  site-specific recombinase  31.51 
 
 		 686 aa  226  8e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1614  site-specific recombinase  30.08 
 
 		 698 aa  226  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1488  putative site-specific recombinase  26.56 
 
 		 676 aa  206  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0363  putative site-specific recombinase  28.57 
 
 		 672 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.731088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6101  site-specific recombinase  26.74 
 
 		 652 aa  160  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.542674  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>