More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0516 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0516  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
228 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2958  thiol:disulfide interchange protein, putative  89.04 
 
 
228 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  68.42 
 
 
228 aa  309  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0151  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  65.64 
 
 
228 aa  298  3e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1186  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  67.84 
 
 
227 aa  296  2e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  68.58 
 
 
228 aa  294  9e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1879  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  64.91 
 
 
228 aa  272  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2546  membrane protein  36.12 
 
 
230 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2861  membrane protein  37 
 
 
230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.563665  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1218  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.91 
 
 
233 aa  134  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0551  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.33 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000556643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3483  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.91 
 
 
235 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.510925  normal  0.220694 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2887  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.49 
 
 
236 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0628  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.68 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.517911  decreased coverage  0.00174403 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3823  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.96 
 
 
246 aa  109  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.367359  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.17 
 
 
246 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3605  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.69 
 
 
225 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.17 
 
 
246 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0989  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  31.19 
 
 
246 aa  105  7e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.23416  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2782  hypothetical protein  33.83 
 
 
235 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143596  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18581  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  31.19 
 
 
246 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4058  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.59 
 
 
231 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.477515  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1909  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.41 
 
 
234 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00531601  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3675  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.09 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0473  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  35.64 
 
 
234 aa  95.1  8e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.98 
 
 
466 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2203  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  35.64 
 
 
237 aa  92  6e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15781  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  32.14 
 
 
210 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0899823  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.74 
 
 
241 aa  89.4  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3272  Protein-disulfide reductase  36.7 
 
 
611 aa  89.4  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0226485 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16381  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  31.72 
 
 
218 aa  89.4  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  34.01 
 
 
586 aa  89.4  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  33.5 
 
 
586 aa  88.6  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4999  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.23 
 
 
244 aa  88.6  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0591  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region/thioredoxin-related  36.22 
 
 
471 aa  86.3  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.945166  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1026  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.19 
 
 
232 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16491  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  28.49 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1088  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.71 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.428045  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4015  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40 
 
 
234 aa  82  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  32.58 
 
 
396 aa  81.6  0.000000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0626  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.76 
 
 
471 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.690861  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0588  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.36 
 
 
215 aa  81.3  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10432  predicted protein  33.18 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000896469  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0617  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.76 
 
 
471 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.7 
 
 
624 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16611  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  33.79 
 
 
218 aa  80.5  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.213566  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  28.5 
 
 
403 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  28.5 
 
 
403 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4432  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.62 
 
 
266 aa  78.2  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.229211  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_54791  biogenesis protein  28.89 
 
 
382 aa  78.2  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.91 
 
 
237 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.97 
 
 
583 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.33 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.12 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  32.82 
 
 
630 aa  76.6  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1552  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  33.1 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  36.78 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2354  cytochrome c biogenesis protein  32.55 
 
 
214 aa  76.6  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000264437  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
628 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  30.24 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.87 
 
 
608 aa  76.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  31.22 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.52 
 
 
624 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3410  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.93 
 
 
570 aa  75.1  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  34.84 
 
 
605 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.12 
 
 
619 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.1 
 
 
610 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.62 
 
 
595 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.12 
 
 
619 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.12 
 
 
619 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.62 
 
 
595 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.62 
 
 
595 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0323  cytochrome c biogenesis protein-like  32.53 
 
 
252 aa  74.7  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.85 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.12 
 
 
619 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.85 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.85 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
604 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3250  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.5 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0077031  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  31.5 
 
 
752 aa  72.8  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1270  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.5 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.65 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2278  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.52 
 
 
234 aa  72.4  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.800011 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.5 
 
 
445 aa  72.4  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0831  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.96 
 
 
224 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0602188  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.12 
 
 
242 aa  72  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3473  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.95 
 
 
238 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.320099 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.69 
 
 
583 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3535  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.93 
 
 
572 aa  71.2  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1653  hypothetical protein  29.23 
 
 
449 aa  71.2  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  31.82 
 
 
623 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.29 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4478  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.52 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4309  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.52 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117194  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4209  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.52 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.97 
 
 
561 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1660  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.41 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3411  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.95 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  30.68 
 
 
750 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>