159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3549 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3549  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
404 aa  833    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4883  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  64.04 
 
 
424 aa  491  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.155777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0801  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  59.34 
 
 
441 aa  477  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2643  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.1 
 
 
415 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.47142  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3567  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  61.36 
 
 
424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.129893  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1634  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.29 
 
 
454 aa  462  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.504674  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1114  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.31 
 
 
440 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1026  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.69 
 
 
417 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000934683  normal  0.130041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3310  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.05 
 
 
422 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0643  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.79 
 
 
422 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3480  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.79 
 
 
421 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3697  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.57 
 
 
439 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2918  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.57 
 
 
457 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.348995  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3017  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.21 
 
 
431 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0653  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.44 
 
 
425 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3585  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.18 
 
 
425 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.18 
 
 
425 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3775  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.18 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.36322  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2691  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  58.06 
 
 
433 aa  437  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1922  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  57.89 
 
 
415 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.898779  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0469  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.17 
 
 
448 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5122  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.11 
 
 
408 aa  433  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.126715  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2571  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.67 
 
 
441 aa  426  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2620  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.79 
 
 
421 aa  403  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G12240)  54.01 
 
 
414 aa  392  1e-108  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.172287  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32057  predicted protein  46.14 
 
 
840 aa  320  3e-86  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12050  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.23 
 
 
425 aa  91.3  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.0051177  normal  0.272152 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2872  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.55 
 
 
341 aa  76.6  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  29.56 
 
 
378 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.830481  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4713  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.87 
 
 
350 aa  73.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4172  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.36 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.536145  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01400  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.45 
 
 
408 aa  68.9  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2432  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.49 
 
 
390 aa  66.6  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0322751  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4776  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.67 
 
 
356 aa  66.2  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.82712  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3194  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.65 
 
 
378 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204858  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2209  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.59 
 
 
355 aa  62.4  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0235433 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.73 
 
 
369 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0378  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.81 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2022  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.37 
 
 
378 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.779674  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1750  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.23 
 
 
381 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102428  normal  0.19806 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4105  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.12 
 
 
381 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314166  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4261  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.12 
 
 
381 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.036739  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2092  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.15 
 
 
368 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.796298  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0892  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.37 
 
 
378 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.569984  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2725  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.37 
 
 
378 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1884  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.37 
 
 
378 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968096  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3256  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.85 
 
 
381 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.37 
 
 
378 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329153  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3140  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  28.37 
 
 
378 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03310  glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.73 
 
 
356 aa  60.5  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0393  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.53 
 
 
379 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.76423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3685  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.96 
 
 
381 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2384  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.22 
 
 
374 aa  60.1  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0398882  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1259  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.43 
 
 
373 aa  59.7  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0649127  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4329  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.37 
 
 
381 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00293344  normal  0.0904766 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6906  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  42.86 
 
 
381 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4158  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.96 
 
 
381 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.54259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0502  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic precursor protein  26.48 
 
 
378 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7923  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.21 
 
 
358 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.7 
 
 
392 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0559407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0440  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.17 
 
 
385 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.53 
 
 
383 aa  57  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04550  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic  27.2 
 
 
383 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000316579  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6042  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.61 
 
 
406 aa  56.6  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1046  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.53 
 
 
375 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413626  normal  0.0540655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48120  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  24.13 
 
 
370 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000260107  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.55 
 
 
2668 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3422  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.93 
 
 
396 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236253  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0002  glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.62 
 
 
355 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000133502  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  23.66 
 
 
359 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.482615  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1285  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  24.02 
 
 
248 aa  54.7  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000464019  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01720  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  57.78 
 
 
307 aa  54.3  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2756  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.65 
 
 
396 aa  53.9  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.721808  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3992  glycerophosphodiester phosphodiesterase  23.46 
 
 
371 aa  53.9  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.220581  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1712  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.48 
 
 
352 aa  53.5  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.82 
 
 
769 aa  53.5  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002678  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.97 
 
 
351 aa  53.5  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0855489  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  24.15 
 
 
360 aa  53.5  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00238018  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0695  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.48 
 
 
377 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.656465 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38180  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.45 
 
 
396 aa  52.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3369  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.45 
 
 
381 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03494  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  24.64 
 
 
366 aa  52.4  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0224  glycerophosphodiester phosphodiesterase  22.91 
 
 
371 aa  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0237  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  40.45 
 
 
331 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.128374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.01 
 
 
360 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1412  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.83 
 
 
358 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.308397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02165  periplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.69 
 
 
358 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1401  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.22 
 
 
329 aa  51.6  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000351864  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02124  hypothetical protein  25.69 
 
 
358 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.828625  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3376  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.41 
 
 
358 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2536  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.41 
 
 
358 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2391  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.69 
 
 
358 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2621  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.56 
 
 
358 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.83 
 
 
358 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.43101  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4038  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.63 
 
 
371 aa  50.8  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.690604 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2379  glycerophosphodiester phosphodiesterase  25.83 
 
 
358 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1111  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  23.86 
 
 
273 aa  50.4  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13876  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase glpQ1  43.86 
 
 
274 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.29336e-18  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0133  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.89 
 
 
252 aa  50.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0859  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  26.1 
 
 
356 aa  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>