More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4158 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A2725  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.61 
 
 
378 aa  651    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2022  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.61 
 
 
378 aa  651    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.779674  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4158  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
381 aa  785    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.54259 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3194  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.88 
 
 
378 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204858  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1750  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  95.01 
 
 
381 aa  728    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102428  normal  0.19806 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0892  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.61 
 
 
378 aa  651    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.569984  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  87.4 
 
 
378 aa  655    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.830481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  86.88 
 
 
378 aa  653    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329153  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4105  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  93.7 
 
 
381 aa  712    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1884  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.61 
 
 
378 aa  651    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968096  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3685  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  97.9 
 
 
381 aa  748    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4329  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  93.44 
 
 
381 aa  744    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00293344  normal  0.0904766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3256  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  92.91 
 
 
381 aa  733    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4261  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  93.7 
 
 
381 aa  712    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.036739  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3140  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  86.61 
 
 
378 aa  651    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0502  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic precursor protein  70.23 
 
 
378 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0378  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  73.12 
 
 
379 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0393  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  67.64 
 
 
379 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.76423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  66.07 
 
 
383 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  63.88 
 
 
392 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0559407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2092  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  60.56 
 
 
368 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.796298  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4038  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.25 
 
 
371 aa  378  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.690604 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03494  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.16 
 
 
366 aa  365  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6042  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.07 
 
 
406 aa  363  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2633  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.65 
 
 
367 aa  362  8e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2432  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.53 
 
 
390 aa  354  2e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0322751  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6906  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.33 
 
 
381 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38180  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.79 
 
 
396 aa  345  6e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0695  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.92 
 
 
377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.656465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4210  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.08 
 
 
383 aa  339  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12050  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50 
 
 
425 aa  339  5.9999999999999996e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.0051177  normal  0.272152 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3745  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.49 
 
 
389 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.191864  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1259  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.21 
 
 
373 aa  335  1e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0649127  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.49 
 
 
360 aa  331  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48120  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  51.68 
 
 
370 aa  325  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000260107  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04550  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic  52.74 
 
 
383 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000316579  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50.89 
 
 
369 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01400  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50.59 
 
 
408 aa  320  1.9999999999999998e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0440  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  51.83 
 
 
385 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7923  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.11 
 
 
358 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  51.95 
 
 
769 aa  317  2e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4713  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50.44 
 
 
350 aa  316  5e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2209  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.78 
 
 
355 aa  311  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0235433 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1101  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  46.85 
 
 
419 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1072  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.12 
 
 
419 aa  300  3e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1298  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  42.86 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0120956  normal  0.755683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3128  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.58 
 
 
397 aa  281  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.120274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0237  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.56 
 
 
412 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3422  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.62 
 
 
396 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236253  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2756  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.62 
 
 
396 aa  280  4e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.721808  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0332  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.75 
 
 
395 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1046  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  46.93 
 
 
375 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413626  normal  0.0540655 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.27 
 
 
1027 aa  275  8e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4172  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.73 
 
 
333 aa  265  7e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.536145  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0245  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.95 
 
 
332 aa  265  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.710509  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0859  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  44.95 
 
 
356 aa  263  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2384  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  44.82 
 
 
374 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0398882  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4776  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.11 
 
 
356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.82712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3369  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.01 
 
 
381 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.17 
 
 
1372 aa  228  1e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  40.22 
 
 
2668 aa  222  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4745  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.14 
 
 
451 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.311266  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2872  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.47 
 
 
341 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1401  glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.04 
 
 
329 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000351864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0235  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.93 
 
 
452 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2626  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
356 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.538824 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2467  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
356 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.52374  normal  0.0759304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2418  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
356 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2522  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
356 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.531616 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2510  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.3 
 
 
356 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3177  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.75 
 
 
359 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.810626  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002678  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.7 
 
 
351 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0855489  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0002  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.54 
 
 
355 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000133502  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03310  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.38 
 
 
356 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1712  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.21 
 
 
352 aa  136  8e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3959  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.83 
 
 
361 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0259448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.27 
 
 
358 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.43101  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2379  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.27 
 
 
358 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2391  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.11 
 
 
358 aa  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1551  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.5 
 
 
334 aa  133  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000013117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2621  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.27 
 
 
358 aa  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02165  periplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.11 
 
 
358 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02124  hypothetical protein  30.11 
 
 
358 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.828625  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3376  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.11 
 
 
358 aa  132  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2536  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.11 
 
 
358 aa  132  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1412  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.11 
 
 
358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.308397 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0224  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.5 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02740  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.62 
 
 
394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.796992  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.41 
 
 
359 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.482615  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3992  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.82 
 
 
371 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.220581  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.63 
 
 
360 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00238018  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0510  glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.84 
 
 
361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.554252  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0564  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.42 
 
 
291 aa  109  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2623  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.01 
 
 
293 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2205  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.44 
 
 
314 aa  97.4  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3503  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.28 
 
 
314 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3270  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.28 
 
 
314 aa  93.2  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164149  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0547  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase GlpQ, putative  27.96 
 
 
349 aa  92.8  8e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3300  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.97 
 
 
314 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12781  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1745  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.28 
 
 
314 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.68144  normal  0.568819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>