More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6906 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6906  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
381 aa  758    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38180  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  69.41 
 
 
396 aa  492  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2432  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  62.3 
 
 
390 aa  426  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0322751  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0695  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  61.7 
 
 
377 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.656465 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1259  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.44 
 
 
373 aa  408  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0649127  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  64.62 
 
 
769 aa  397  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3745  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.41 
 
 
389 aa  397  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.191864  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4210  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.63 
 
 
383 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2092  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.75 
 
 
368 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.796298  normal  0.269694 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12050  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  59.63 
 
 
425 aa  362  6e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.0051177  normal  0.272152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7923  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.72 
 
 
358 aa  361  9e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48120  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.07 
 
 
370 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000260107  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3256  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.93 
 
 
381 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1750  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.22 
 
 
381 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102428  normal  0.19806 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4105  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.93 
 
 
381 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314166  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4261  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.93 
 
 
381 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.036739  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04550  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic  57.75 
 
 
383 aa  352  8e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000316579  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4158  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.33 
 
 
381 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.54259 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  55.16 
 
 
378 aa  350  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.830481  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3685  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.03 
 
 
381 aa  349  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0440  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.53 
 
 
385 aa  349  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4713  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  58.15 
 
 
350 aa  348  8e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4329  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.03 
 
 
381 aa  347  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00293344  normal  0.0904766 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.57 
 
 
378 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3194  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6042  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.38 
 
 
406 aa  347  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2022  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.779674  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0393  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.08 
 
 
379 aa  345  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.76423 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1884  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968096  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0892  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.569984  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2725  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0502  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic precursor protein  54.35 
 
 
378 aa  345  7e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0378  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.75 
 
 
379 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3140  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  54.57 
 
 
378 aa  345  8e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0177  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.8 
 
 
369 aa  343  4e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2209  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.06 
 
 
355 aa  339  5e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0235433 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01400  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  56.71 
 
 
408 aa  338  7e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.71 
 
 
360 aa  335  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0859  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.77 
 
 
356 aa  332  5e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  55.21 
 
 
383 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1101  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.21 
 
 
419 aa  330  2e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1072  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.21 
 
 
419 aa  330  2e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0425  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.13 
 
 
392 aa  326  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0559407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0237  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.59 
 
 
412 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1046  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.25 
 
 
375 aa  311  9e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413626  normal  0.0540655 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0245  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  53.77 
 
 
332 aa  308  6.999999999999999e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.710509  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4172  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.66 
 
 
333 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.536145  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3422  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.38 
 
 
396 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236253  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2756  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.38 
 
 
396 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.721808  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2384  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50 
 
 
374 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0398882  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03494  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.14 
 
 
366 aa  297  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4038  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.38 
 
 
371 aa  291  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.690604 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2633  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.85 
 
 
367 aa  289  7e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1298  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.73 
 
 
399 aa  286  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0120956  normal  0.755683 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0332  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  42.03 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3128  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  44.79 
 
 
397 aa  282  8.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.120274 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  40.81 
 
 
1027 aa  265  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4776  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  44.64 
 
 
356 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.82712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3369  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.13 
 
 
381 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.42 
 
 
1372 aa  221  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.42 
 
 
2668 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4745  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.98 
 
 
451 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.311266  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2872  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.18 
 
 
341 aa  200  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002678  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.63 
 
 
351 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0855489  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1712  glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.11 
 
 
352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03310  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.37 
 
 
356 aa  166  8e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0002  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.63 
 
 
355 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000133502  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0235  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.52 
 
 
452 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0224  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.75 
 
 
371 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1401  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.94 
 
 
329 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000351864  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3177  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.38 
 
 
359 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.810626  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.15 
 
 
360 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00238018  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3959  glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.5 
 
 
361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0259448  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2510  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.25 
 
 
356 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2626  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.25 
 
 
356 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.538824 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2418  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.25 
 
 
356 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2522  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.25 
 
 
356 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.531616 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3992  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.84 
 
 
371 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.220581  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2467  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.25 
 
 
356 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.52374  normal  0.0759304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0198  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30 
 
 
359 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.482615  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2391  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.48 
 
 
358 aa  146  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1412  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.69 
 
 
358 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.308397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02165  periplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.69 
 
 
358 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02124  hypothetical protein  29.69 
 
 
358 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.828625  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2536  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.69 
 
 
358 aa  143  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3376  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.69 
 
 
358 aa  143  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.84 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.43101  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2621  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.84 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2379  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.84 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0510  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.5 
 
 
361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.554252  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0564  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.3 
 
 
291 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1551  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.26 
 
 
334 aa  127  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000013117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2623  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.42 
 
 
293 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2205  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.53 
 
 
314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02740  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.28 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.796992  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0307  glycerophosphodiester phosphodiesterase  35.37 
 
 
319 aa  114  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3270  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.43 
 
 
314 aa  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164149  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3503  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.06 
 
 
314 aa  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1745  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.88 
 
 
314 aa  113  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.68144  normal  0.568819 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3300  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.43 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>