More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1933 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1240  isoleucyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 938 aa  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.227379  normal  0.0730033 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00030  isoleucyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 		 938 aa  685    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300896  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3573  isoleucyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 		 938 aa  685    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.017185  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3596  isoleucyl-tRNA synthetase  44.03 
 
 		 924 aa  754    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000749042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3136  isoleucyl-tRNA synthetase  43.4 
 
 		 923 aa  744    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0131588  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0603  isoleucyl-tRNA synthetase  39.82 
 
 		 943 aa  659    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0758  isoleucyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 916 aa  664    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0651932  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2253  isoleucyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 		 939 aa  687    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0514464  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2458  isoleucyl-tRNA synthetase  39.46 
 
 		 960 aa  641    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3940  isoleucyl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 921 aa  672    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0428379  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1182  isoleucyl-tRNA synthetase  39.38 
 
 		 953 aa  690    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0787  isoleucyl-tRNA synthetase  39.72 
 
 		 931 aa  700    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0590417  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00980  isoleucyl-tRNA synthetase  40.06 
 
 		 942 aa  690    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0202  isoleucyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 		 972 aa  1007    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.315539  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3532  isoleucyl-tRNA synthetase  40.9 
 
 		 940 aa  705    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0806  isoleucyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 		 943 aa  647    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.3269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3746  isoleucyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 921 aa  668    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3637  isoleucyl-tRNA synthetase  39.41 
 
 		 921 aa  672    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1277  isoleucyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 917 aa  642    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3654  isoleucyl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 921 aa  672    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.142679  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1892  isoleucyl-tRNA synthetase  37.95 
 
 		 946 aa  649    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3784  isoleucyl-tRNA synthetase  46.66 
 
 		 953 aa  846    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.617125  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0999  isoleucyl-tRNA synthetase  39.15 
 
 		 931 aa  664    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0968  isoleucyl-tRNA synthetase  39.46 
 
 		 931 aa  666    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0953  isoleucyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 943 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.344865 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0710  isoleucyl-tRNA synthetase  39.32 
 
 		 943 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0257753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0364  isoleucyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 941 aa  642    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3046  isoleucyl-tRNA synthetase  41.05 
 
 		 932 aa  671    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.140693 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1836  isoleucyl-tRNA synthetase  40.77 
 
 		 941 aa  668    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0633  isoleucyl-tRNA synthetase  48.15 
 
 		 942 aa  870    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.807163  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0862  isoleucyl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 939 aa  654    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.89203  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1857  isoleucyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 929 aa  665    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2542  isoleucyl-tRNA synthetase  52.61 
 
 		 999 aa  1022    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5200  isoleucyl-tRNA synthetase  39.46 
 
 		 943 aa  646    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4230  isoleucyl-tRNA synthetase  38.12 
 
 		 940 aa  640    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0354153  hitchhiker  0.0000563381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3046  isoleucyl-tRNA synthetase  40.42 
 
 		 946 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2277  isoleucyl-tRNA synthetase  40.75 
 
 		 940 aa  673    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4852  isoleucyl-tRNA synthetase  39.78 
 
 		 943 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0568  isoleucyl-tRNA synthetase  68.78 
 
 		 984 aa  1420    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.219237  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2455  isoleucyl-tRNA synthetase  43.77 
 
 		 927 aa  766    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000538719  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0287  isoleucyl-tRNA synthetase  57.76 
 
 		 965 aa  1098    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547871 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0412  isoleucyl-tRNA synthetase  54.02 
 
 		 969 aa  1022    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2221  isoleucyl-tRNA synthetase  68.37 
 
 		 984 aa  1410    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.5724  normal  0.944921 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0351  isoleucyl-tRNA synthetase  42.76 
 
 		 923 aa  732    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2142  isoleucyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 		 934 aa  674    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0495  isoleucyl-tRNA synthetase  40.08 
 
 		 943 aa  680    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.536941  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4034  isoleucyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 921 aa  668    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0225299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0718  isoleucyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 931 aa  654    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00194665  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1212  isoleucyl-tRNA synthetase  49.9 
 
 		 971 aa  959    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000906098  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1054  isoleucyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 940 aa  705    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0698363  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2654  isoleucyl-tRNA synthetase  40.44 
 
 		 943 aa  679    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2544  isoleucyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 		 921 aa  667    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2966  isoleucyl-tRNA synthetase  52.54 
 
 		 940 aa  1003    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.828678  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0863  isoleucyl-tRNA synthetase  39.57 
 
 		 930 aa  662    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000147898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0028  isoleucyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 		 938 aa  685    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00012642  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4182  isoleucyl-tRNA synthetase  51.55 
 
 		 1054 aa  1008    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3259  isoleucyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 968 aa  811    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.412172  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3612  isoleucyl-tRNA synthetase  65.62 
 
 		 987 aa  1342    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.203853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3467  isoleucyl-tRNA synthetase  66.63 
 
 		 992 aa  1355    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0639262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3460  isoleucyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 938 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0011793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2566  isoleucyl-tRNA synthetase  39.07 
 
 		 932 aa  669    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1395  isoleucyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 		 1024 aa  1027    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.320728 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1252  isoleucyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 917 aa  642    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.131241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1716  isoleucyl-tRNA synthetase  52.32 
 
 		 999 aa  1017    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100136  normal  0.21686 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0499  isoleucyl-tRNA synthetase  69.49 
 
 		 977 aa  1419    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.241069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2723  isoleucyl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 943 aa  695    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00134362  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0924  isoleucyl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 940 aa  715    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4038  isoleucyl-tRNA synthetase  51.48 
 
 		 1001 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.270009  normal  0.410472 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0481  isoleucyl-tRNA synthetase  40.8 
 
 		 946 aa  655    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3162  isoleucyl-tRNA synthetase  52.71 
 
 		 999 aa  1016    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0402  isoleucyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 947 aa  638    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.354938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0214  isoleucyl-tRNA synthetase  38.43 
 
 		 949 aa  667    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000786038  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1672  isoleucyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 		 936 aa  658    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.232615  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1861  isoleucyl-tRNA synthetase  39.66 
 
 		 936 aa  651    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2389  isoleucyl-tRNA synthetase  65.76 
 
 		 974 aa  1348    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2357  isoleucyl-tRNA synthetase  43.94 
 
 		 1063 aa  783    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1121  isoleucyl-tRNA synthetase  40.58 
 
 		 940 aa  701    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.698223  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3178  isoleucyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 942 aa  661    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.69109  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0425  isoleucyl-tRNA synthetase  51.27 
 
 		 985 aa  989    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335357  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0186  isoleucyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 937 aa  684    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.397485  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4313  isoleucyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 		 924 aa  747    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.375273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2957  isoleucyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 940 aa  709    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000139756  normal  0.394087 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3039  isoleucyl-tRNA synthetase  41.48 
 
 		 940 aa  707    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0469358  normal  0.419814 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0852  isoleucyl-tRNA synthetase  42.23 
 
 		 941 aa  686    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2890  isoleucyl-tRNA synthetase  40.48 
 
 		 943 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.063725  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0962  isoleucyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 927 aa  688    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0001965  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0613  isoleucyl-tRNA synthetase  50.84 
 
 		 990 aa  957    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0644  isoleucyl-tRNA synthetase  39.72 
 
 		 943 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.151941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60370  isoleucyl-tRNA synthetase  39.16 
 
 		 943 aa  648    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741964  hitchhiker  0.000000957216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0584  isoleucyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 		 948 aa  679    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0128846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0013  isoleucyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 		 947 aa  659    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1059  isoleucyl-tRNA synthetase  40.68 
 
 		 940 aa  703    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0131865  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0181  isoleucyl-tRNA synthetase  52.99 
 
 		 972 aa  1006    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0782034  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1099  isoleucyl-tRNA synthetase  40.22 
 
 		 940 aa  688    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0237833  normal  0.10844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3032  isoleucyl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 970 aa  1001    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.622037  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3271  isoleucyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 944 aa  668    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0122  isoleucyl-tRNA synthetase  42.38 
 
 		 928 aa  753    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0115496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2147  isoleucyl-tRNA synthetase  43.5 
 
 		 954 aa  799    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.307917  normal  0.705787 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3136  isoleucyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 		 940 aa  706    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2207  isoleucyl-tRNA synthetase  53.28 
 
 		 1012 aa  997    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.307981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>