135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_639 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000134783  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000298802  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_639  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000240622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0019  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.739612 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0034  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.453566  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0065  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000604165  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_757  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0984996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0078  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0100  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.682719 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.724762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.657012 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0002  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00924229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.155271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100529 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0005  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0049  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0018  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0021  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.101366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0068  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00365529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>