298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0003 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.155271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100529 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.657012 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0046  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000231748  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0048  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000268025  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0050  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000555856  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0009  tRNA-Gly  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0035  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 75 bp  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.724762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0024  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.664304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0025  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.89126  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0036  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.890438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0028  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.500637 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0026  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0006  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0009  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0030  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0007  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0045  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.356708  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0028  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30863e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0063  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131328  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0066  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0020  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0048  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0031  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000377899  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0030  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000022612  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0021  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0023  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000214158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0022  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00428299  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0090  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0858  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4999  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5683  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0251422  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5692  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000815905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5728  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000760665  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0612  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000121451  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0135  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000405897  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0102  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000562923  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000299273  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00746864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000472811  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.34208  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-9  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0690974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000170652  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000219047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0273307  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5815  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000650347  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5718  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273939  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4765  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000105314  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0783  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.7717399999999996e-31 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000594127  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000138303  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000064552  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0086  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000534948  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5730  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000092576  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0022  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0110394  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5637  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0537  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.26138e-32 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4573  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.110089 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5030  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000514384  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0099  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00152408  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0216  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000219569  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0139  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00889637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0014  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000685902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0037  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000929008  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0241  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0052  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418671  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5654  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000615914  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000301735  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000445849  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000721816  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5141  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000127094  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0195  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000704358  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000814589  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0040  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000910792  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5657  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000792898  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0174  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0677947 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0040  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.634702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0098  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00020662  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>