61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3255 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  97.64 
 
 		 1146 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3255    100 
 
 		 720 bp  1427    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  92.09 
 
 		 1134 bp  959    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.96 
 
 		 1143 bp  303  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.96 
 
 		 1143 bp  303  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.96 
 
 		 1143 bp  303  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  81.96 
 
 		 1143 bp  303  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  81.96 
 
 		 1119 bp  303  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.96 
 
 		 1143 bp  303  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  81.61 
 
 		 1137 bp  287  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  88.51 
 
 		 1155 bp  280  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  85.55 
 
 		 1155 bp  280  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  84.96 
 
 		 1155 bp  276  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  82.08 
 
 		 1155 bp  266  8e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  81.93 
 
 		 1143 bp  262  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  80.88 
 
 		 1143 bp  260  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.84 
 
 		 1143 bp  260  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  81.84 
 
 		 1143 bp  260  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  81.23 
 
 		 1143 bp  258  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.63 
 
 		 1143 bp  252  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  81.63 
 
 		 1143 bp  252  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  86.07 
 
 		 1155 bp  246  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  86.74 
 
 		 1143 bp  246  7e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  86.07 
 
 		 1155 bp  246  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.42 
 
 		 1143 bp  244  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  81.42 
 
 		 1131 bp  244  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  86.52 
 
 		 1155 bp  244  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.42 
 
 		 1143 bp  244  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.21 
 
 		 1143 bp  236  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  80.65 
 
 		 1176 bp  234  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  80.65 
 
 		 1176 bp  234  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4310    93.59 
 
 		 165 bp  230  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000180481  decreased coverage  0.0000000234617 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  80.38 
 
 		 1143 bp  204  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  82.88 
 
 		 1146 bp  161  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  82.49 
 
 		 1146 bp  153  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  82.49 
 
 		 1209 bp  153  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3170    87.67 
 
 		 156 bp  147  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  83.49 
 
 		 1215 bp  147  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  84.56 
 
 		 1161 bp  113  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  84.56 
 
 		 1161 bp  113  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  88.76 
 
 		 1155 bp  97.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  83.62 
 
 		 1206 bp  79.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  85.87 
 
 		 1146 bp  79.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  79.43 
 
 		 1203 bp  73.8  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  82.76 
 
 		 1011 bp  71.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  82.76 
 
 		 1206 bp  71.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  82.26 
 
 		 1206 bp  71.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  89.29 
 
 		 1110 bp  63.9  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  89.8 
 
 		 1200 bp  58  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  86.15 
 
 		 1134 bp  58  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  84.42 
 
 		 1137 bp  58  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  84.42 
 
 		 1137 bp  58  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  81.73 
 
 		 1200 bp  56  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0011  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 723 bp  56  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  87.04 
 
 		 1122 bp  52  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  91.89 
 
 		 1200 bp  50.1  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  84.62 
 
 		 1146 bp  50.1  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  83.12 
 
 		 1287 bp  50.1  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  87.5 
 
 		 1122 bp  48.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  91.67 
 
 		 1134 bp  48.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  85.71 
 
 		 1146 bp  48.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>