More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3560 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3560  putative ATP-dependent protease La  100 
 
 
409 aa  815    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585303  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1956  endopeptidase La  51.15 
 
 
261 aa  266  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.340838  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2845  ATP-dependent protease La  36.32 
 
 
799 aa  127  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128404  normal  0.0142705 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1286  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  45.45 
 
 
770 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.641914 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1340  ATP-dependent protease La  36.04 
 
 
802 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0924778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3556  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.25 
 
 
794 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1827  hypothetical protein  33.82 
 
 
816 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2798  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.25 
 
 
794 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.920783  normal  0.754609 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5345  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  43.66 
 
 
832 aa  117  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1823  hypothetical protein  34.52 
 
 
816 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0349  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.96 
 
 
817 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3324  ATPase AAA-2  41.55 
 
 
802 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.660332  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5269  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  43.66 
 
 
827 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.103535  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2396  AAA_5 ATPase  41.55 
 
 
801 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.666278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3230  ATP-dependent protease La  35.79 
 
 
818 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.924948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4802  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  43.66 
 
 
827 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.953902  normal  0.0652574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2260  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.96 
 
 
817 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3055  ATPase AAA-2  41.55 
 
 
801 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.800011  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4536  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  41.55 
 
 
823 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.783313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0787  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.96 
 
 
828 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.468999  normal  0.165344 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4987  ATP-dependent protease La  31.42 
 
 
824 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00166311  normal  0.674678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4772  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  40.14 
 
 
796 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1713  ATP-dependent protease LA protein  36.02 
 
 
806 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.0334567 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1687  ATP-dependent protease La  36.84 
 
 
801 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000016663  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2092  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA  45.21 
 
 
792 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0906  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000110606  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1695  AAA ATPase  41.96 
 
 
801 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.408857 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3695  Lon-A peptidase  36.41 
 
 
798 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0499  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00131573  hitchhiker  0.00467921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00391  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3170  ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0509  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343413  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00395  hypothetical protein  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0553  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00718767  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3193  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000724307  hitchhiker  0.000504746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0516  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0475  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000237635  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0490  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000003188  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0492  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00217408  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0362  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000116404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0525  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
799 aa  111  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000828536  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0168  ATPase AAA-2  41.55 
 
 
779 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0482  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.98 
 
 
784 aa  111  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000167472  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1534  ATP-dependent protease La  35.48 
 
 
804 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.254924 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1867  ATP-dependent protease La  35.48 
 
 
804 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0743782  hitchhiker  0.00647578 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1382  Lon-A peptidase  36.02 
 
 
803 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.154392  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0775  Lon-A peptidase  34.92 
 
 
802 aa  109  8.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.577145  normal  0.0448115 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1373  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  40.14 
 
 
819 aa  109  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2939  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  45.45 
 
 
775 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.407521  normal  0.118399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1097  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.01 
 
 
784 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000612483  hitchhiker  0.00000716976 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2338  ATP-dependent protease La  34.33 
 
 
803 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0304727  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1552  Lon-A peptidase  34.21 
 
 
806 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1606  ATP-dependent protease La  32.28 
 
 
784 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000976039  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2546  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  40.85 
 
 
775 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2806  Lon-A peptidase  36.76 
 
 
802 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3111  ATP-dependent protease La  32.12 
 
 
785 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000302601  hitchhiker  0.00000706703 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2518  Lon-A peptidase  30.87 
 
 
799 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.571942  normal  0.381839 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1158  ATP-dependent protease La  36.76 
 
 
802 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.326096  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2903  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  42.25 
 
 
778 aa  106  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.11213  normal  0.265378 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2416  ATPase AAA-2  41.26 
 
 
799 aa  106  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164415  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0747  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  38.73 
 
 
826 aa  106  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00213324 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3609  ATP-dependent protease La  36.73 
 
 
805 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.126707  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1667  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  40.14 
 
 
829 aa  106  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.134517  normal  0.125366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3724  ATP-dependent protease La  34.85 
 
 
798 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.639562  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3066  DNA-binding ATP-dependent protease La  32.84 
 
 
787 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1749  peptidase S16, ATP-dependent protease La  34.85 
 
 
798 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0163826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1883  Lon-A peptidase  35.48 
 
 
803 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2874  DNA-binding ATP-dependent protease La  33.17 
 
 
786 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23590  Peptidase S16, ATP-dependent protease  34.36 
 
 
797 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0821  ATP-dependent protease LA  34.39 
 
 
787 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0118017  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1595  ATP-dependent protease La  32.11 
 
 
785 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000103769  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2563  ATP-dependent protease La  37.1 
 
 
807 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1033  ATP-dependent protease La  34.95 
 
 
811 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0951111  hitchhiker  0.0000000189689 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1629  ATP-dependent protease La  32.11 
 
 
785 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000414531  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02475  ATP-dependent protease La  37.11 
 
 
823 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1610  Lon-A peptidase  35.23 
 
 
805 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000614629  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2052  ATP-dependent protease La  35.9 
 
 
798 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155836  normal  0.0687597 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1543  endopeptidase La  31.61 
 
 
781 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000152333  hitchhiker  0.000667603 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3090  DNA-binding ATP-dependent protease La  32.37 
 
 
784 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  0.00000000000000593102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3052  DNA-binding ATP-dependent protease La  32.37 
 
 
784 aa  104  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000101207  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2748  ATP-dependent protease La  32.11 
 
 
785 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000341636  normal  0.663967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2293  chaperonin clpA/B  43.06 
 
 
771 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3326  ATP-dependent protease La  34.57 
 
 
837 aa  104  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.883072  normal  0.129417 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1013  ATP-dependent protease La  35.26 
 
 
805 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0952108  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2109  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  42.36 
 
 
779 aa  104  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3232  DNA-binding ATP-dependent protease La  32.37 
 
 
784 aa  104  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0936  ATP-dependent protease La  34.76 
 
 
810 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0968  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  43.06 
 
 
771 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1050  DNA-binding ATP-dependent protease La  32.68 
 
 
793 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.362366  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0469  ATP-dependent protease La  35.79 
 
 
823 aa  104  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0601  ATP-dependent protease La  32.18 
 
 
820 aa  104  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.273158  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2286  Lon-A peptidase  34.69 
 
 
816 aa  104  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620388  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0912  ATP-dependent protease La  36.65 
 
 
796 aa  104  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1908  ATP-dependent protease La  35.26 
 
 
807 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261934  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2293  Lon-A peptidase  35.26 
 
 
807 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441771 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2207  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  43.06 
 
 
783 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.177783  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2659  Lon-A peptidase  32.11 
 
 
785 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000097236  normal  0.812724 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1796  ATP-dependent protease La  32.11 
 
 
785 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1492  ATP-dependent protease La  32.11 
 
 
785 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000160323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2561  Lon-A peptidase  32.11 
 
 
785 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000338529  normal  0.0789552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>