More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1610 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00391  DNA-binding ATP-dependent protease La  69.93 
 
 
784 aa  1095    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3170  ATP-dependent protease La  69.93 
 
 
784 aa  1095    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0923  ATP-dependent protease La  45.81 
 
 
768 aa  689    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.469198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1790  ATP-dependent protease La  60.5 
 
 
807 aa  943    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3193  ATP-dependent protease La  50.26 
 
 
819 aa  781    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2302  ATP-dependent protease La  71.46 
 
 
798 aa  1161    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.235792  hitchhiker  0.000494744 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0531  ATP-dependent protease La  67.74 
 
 
809 aa  1097    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0680151  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0317  ATP-dependent protease La  52.88 
 
 
817 aa  836    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1713  ATP-dependent protease LA protein  68.9 
 
 
806 aa  1087    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.0334567 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4561  ATP-dependent protease La 1  55.25 
 
 
773 aa  868    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3783  ATP-dependent protease La  69.95 
 
 
782 aa  1106    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.417007  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1106  ATP-dependent protease La  61.89 
 
 
812 aa  971    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521594  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1796  ATP-dependent protease La  69.41 
 
 
785 aa  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3724  ATP-dependent protease La  70.87 
 
 
798 aa  1165    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.639562  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4367  ATP-dependent protease La 1  54.78 
 
 
776 aa  867    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000611183  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4203  endopeptidase La (ATP-dependent protease La 1)  54.78 
 
 
776 aa  867    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000103757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4214  endopeptidase La (ATP-dependent protease La 1)  54.91 
 
 
776 aa  869    Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000107008  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1463  ATP-dependent protease La  69.16 
 
 
805 aa  1091    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114197  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1827  hypothetical protein  66.75 
 
 
816 aa  1063    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1823  hypothetical protein  66.75 
 
 
816 aa  1063    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1749  peptidase S16, ATP-dependent protease La  71.37 
 
 
798 aa  1171    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0163826 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1659  Lon-A peptidase  54.79 
 
 
875 aa  870    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.241054  normal  0.819734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1716  Lon-A peptidase  66.62 
 
 
804 aa  1056    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.390297  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1382  Lon-A peptidase  68.89 
 
 
803 aa  1088    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.154392  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0204  Lon-A peptidase  52.15 
 
 
801 aa  820    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1675  Lon-A peptidase  69.29 
 
 
805 aa  1098    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0439877 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1897  peptidase S16, ATP-dependent protease La  60.18 
 
 
808 aa  971    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2479  ATP-dependent protease La  69.16 
 
 
805 aa  1091    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.71727  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1674  peptidase S16, ATP-dependent protease La  67.71 
 
 
812 aa  1075    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.37162  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3695  Lon-A peptidase  71.88 
 
 
798 aa  1174    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2806  Lon-A peptidase  60.52 
 
 
802 aa  959    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0027  ATP-dependent protease La  46.31 
 
 
780 aa  724    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1687  ATP-dependent protease La  58.67 
 
 
801 aa  917    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000016663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1982  ATP-dependent protease La  42.4 
 
 
796 aa  660    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5222  Lon-A peptidase  68.91 
 
 
807 aa  1080    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1871  Lon-A peptidase  58.14 
 
 
805 aa  922    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00061331  normal  0.0162065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2544  peptidase S16, ATP-dependent protease La  45.55 
 
 
774 aa  703    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.16871  hitchhiker  0.0000000000000339276 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3214  Lon-A peptidase  51.23 
 
 
823 aa  805    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115305  hitchhiker  0.000000048524 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2218  Lon-A peptidase  52.92 
 
 
819 aa  805    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2444  Lon-A peptidase  48.44 
 
 
809 aa  745    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.431002  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1179  ATP-dependent protease La  59.48 
 
 
815 aa  966    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000610541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4702  ATP-dependent protease La 1  54.86 
 
 
773 aa  865    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2097  ATP-dependent protease La  45.09 
 
 
790 aa  693    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2338  ATP-dependent protease La  68.3 
 
 
803 aa  1112    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0304727  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1552  Lon-A peptidase  61.85 
 
 
806 aa  1003    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0531  Lon-A peptidase  54.59 
 
 
768 aa  853    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000877407  normal  0.534279 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2122  ATP-dependent protease La  69.29 
 
 
806 aa  1092    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1707  ATP-dependent protease La  47.19 
 
 
843 aa  702    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00968626  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3350  Lon-A peptidase  58.31 
 
 
812 aa  920    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2565  ATP-dependent protease La  60.71 
 
 
812 aa  972    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498787  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1361  Lon-A peptidase  59.29 
 
 
803 aa  931    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0347  ATP-dependent protease La  49.56 
 
 
826 aa  775    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.308867  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0899  ATP-dependent protease La  51.82 
 
 
802 aa  808    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.303958  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2518  Lon-A peptidase  59.82 
 
 
799 aa  933    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.571942  normal  0.381839 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1556  ATP-dependent protease La  63.52 
 
 
813 aa  1022    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3006  ATP-dependent protease La  45.81 
 
 
797 aa  679    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1610  Lon-A peptidase  100 
 
 
805 aa  1637    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000614629  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2394  ATP-dependent protease La  59.55 
 
 
823 aa  959    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.118165 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1411  Lon-A peptidase  66.58 
 
 
811 aa  1104    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000104589  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0925  ATP-dependent protease La  44.43 
 
 
792 aa  679    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2032  Lon-A peptidase  64.99 
 
 
809 aa  1047    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.914021  decreased coverage  0.00112725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2293  Lon-A peptidase  67.26 
 
 
807 aa  1083    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441771 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2493  ATP-dependent protease La  70.2 
 
 
783 aa  1112    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000146156  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2892  ATP-dependent protease La  60.48 
 
 
812 aa  970    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.169901 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2044  Lon-A peptidase  65.79 
 
 
802 aa  1078    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2227  ATP-dependent protease La  61.42 
 
 
807 aa  966    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1899  ATP-dependent protease La  55.48 
 
 
874 aa  865    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.67239  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1883  Lon-A peptidase  67.97 
 
 
803 aa  1091    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0263  DNA-binding ATP-dependent protease La  67.45 
 
 
784 aa  1068    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1558  Lon-A peptidase  53.67 
 
 
798 aa  855    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.100415  normal  0.0162452 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2051  ATP-dependent protease La  48.89 
 
 
814 aa  732    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0427  ATP-dependent protease La  46.39 
 
 
820 aa  672    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.272294  normal  0.22143 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2153  ATP-dependent protease La  49.43 
 
 
813 aa  749    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.582641  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0775  Lon-A peptidase  61.17 
 
 
802 aa  952    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.577145  normal  0.0448115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0798  ATP-dependent protease La  58.76 
 
 
798 aa  937    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.595986  normal  0.028237 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6158  ATP-dependent protease La  68.65 
 
 
807 aa  1079    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3134  ATP-dependent protease La  70.08 
 
 
788 aa  1122    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1171  Lon-A peptidase  61.74 
 
 
804 aa  976    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618926  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2992  ATP-dependent protease La  43.32 
 
 
813 aa  657    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1644  ATP-dependent protease La  47.67 
 
 
776 aa  725    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1382  ATP-dependent protease La  47.28 
 
 
776 aa  719    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.122129  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0489  Lon-A peptidase  64.68 
 
 
803 aa  1046    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2493  Lon-A peptidase  70.07 
 
 
785 aa  1115    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000173516  normal  0.0963956 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2561  Lon-A peptidase  70.07 
 
 
785 aa  1116    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000338529  normal  0.0789552 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2286  Lon-A peptidase  68.02 
 
 
816 aa  1105    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620388  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2594  ATP-dependent protease La  69.93 
 
 
783 aa  1108    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000142236  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1653  endopeptidase La  55.96 
 
 
812 aa  869    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1340  ATP-dependent protease La  62.02 
 
 
802 aa  961    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0924778 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1909  ATP-dependent protease La  68.39 
 
 
807 aa  1075    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41220  Lon protease  72.26 
 
 
798 aa  1190    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.238701 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1921  ATP-dependent protease La  68.65 
 
 
807 aa  1079    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0098  ATP-dependent protease La  55.91 
 
 
815 aa  894    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000146786 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0715  ATP-dependent protease La  45.05 
 
 
790 aa  685    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3640  Lon-A peptidase  61.25 
 
 
812 aa  961    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0005782  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2659  Lon-A peptidase  69.8 
 
 
785 aa  1114    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000097236  normal  0.812724 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2604  ATP-dependent protease La  50.39 
 
 
823 aa  792    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0869192  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3207  ATP-dependent protease La  44.36 
 
 
771 aa  654    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3609  ATP-dependent protease La  61.33 
 
 
805 aa  963    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.126707  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1226  endopeptidase La  69.82 
 
 
785 aa  1108    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000223975  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1467  ATP-dependent protease La  69.28 
 
 
785 aa  1108    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.635914  normal  0.937024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>