39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9127 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9127  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  100 
 
 		 371 aa  758    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.392658  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 351 aa  80.5  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  30.41 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.56 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.6 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.97 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5835  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.66 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  26.24 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.29 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2602  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.79 
 
 		 363 aa  57  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.02 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 346 aa  53.5  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5310  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.85 
 
 		 327 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4615  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  26.24 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.14 
 
 		 343 aa  51.2  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  23.48 
 
 		 295 aa  50.4  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.8 
 
 		 337 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1150  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.68 
 
 		 359 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0916  putative simple sugar transport system substrate-binding protein  24.81 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.69 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.4 
 
 		 345 aa  47.8  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3724  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  23.38 
 
 		 327 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.928243  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  26.09 
 
 		 309 aa  46.6  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  28.06 
 
 		 311 aa  46.6  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0844  hypothetical protein  26.83 
 
 		 336 aa  46.6  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.655414  normal  0.0599894 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  26.09 
 
 		 309 aa  46.6  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3639  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  26.09 
 
 		 309 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  24.24 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  21.17 
 
 		 345 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4328  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  21.96 
 
 		 329 aa  44.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.495053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  23.67 
 
 		 351 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5241  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.41 
 
 		 316 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.635479 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  22.71 
 
 		 351 aa  43.9  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3559  putative substrate binding component of ABC transporter  24.79 
 
 		 330 aa  43.9  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1342  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.75 
 
 		 309 aa  43.1  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3821  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.01 
 
 		 333 aa  42.7  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>