More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5307 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5307  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  100 
 
 		 334 aa  646    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.167667  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  35.1 
 
 		 331 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8211  monosaccharide-transporting ATPase  38.49 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  35.2 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34.84 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 325 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  33.92 
 
 		 324 aa  159  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  36.09 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  34.64 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.16 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  34.67 
 
 		 323 aa  156  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  34.64 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  31.89 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  32.46 
 
 		 328 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  32.53 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  34.8 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  34.86 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  32.93 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  34.86 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  33.66 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  34.86 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  32.18 
 
 		 327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  33.66 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  32.84 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  31.94 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  31.14 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  33.33 
 
 		 349 aa  153  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2788  ABC-type transporter for ribose/xylose/arabinose/galactoside systems, permease protein  33.75 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0544071  normal  0.614175 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  32.63 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  34.64 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 311 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  33.33 
 
 		 327 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  34.64 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  32.11 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  33.83 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  34.31 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  33.54 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  32.71 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  35.13 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  33.99 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  34.41 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  33.99 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  34.81 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  32.01 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  32.01 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  30.86 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  31.12 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  31.9 
 
 		 315 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  33.01 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1454  Monosaccharide-transporting ATPase  32.23 
 
 		 345 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.760781 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  33.01 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  33.01 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  33.01 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  35.13 
 
 		 835 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  32.69 
 
 		 329 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  32.69 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  32.09 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  31.66 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  32.69 
 
 		 329 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  32.69 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  32.69 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  31.91 
 
 		 335 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  32.84 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2371  sugar ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.474719  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1154  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  35.05 
 
 		 350 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1077  carbohydrate ABC transporter permease  35.05 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.255506  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  31.45 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  35.36 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4300  monosaccharide-transporting ATPase  34.46 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.94979 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1791  carbohydrate ABC transporter permease  35.05 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0639  sugar ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  33.44 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1608  sugar ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0827  carbohydrate ABC transporter permease  35.05 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0814  sugar ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 		 327 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0814  monosaccharide-transporting ATPase  32.01 
 
 		 327 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>