More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2031 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 		 328 aa  639    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  97.26 
 
 		 328 aa  623  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  91.16 
 
 		 328 aa  590  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  88.11 
 
 		 327 aa  577  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  91.16 
 
 		 328 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  90.38 
 
 		 349 aa  568  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  90.71 
 
 		 349 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  90.71 
 
 		 349 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  89.02 
 
 		 326 aa  564  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  88.11 
 
 		 329 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  88.11 
 
 		 328 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  87.5 
 
 		 328 aa  554  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  87.8 
 
 		 328 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  87.8 
 
 		 328 aa  556  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  88.11 
 
 		 329 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  88.11 
 
 		 328 aa  555  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  87.8 
 
 		 328 aa  556  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  88.11 
 
 		 328 aa  555  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  62.11 
 
 		 329 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  61.18 
 
 		 329 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  60 
 
 		 322 aa  352  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  55.76 
 
 		 335 aa  341  8e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 335 aa  339  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  55.76 
 
 		 335 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  57.05 
 
 		 315 aa  336  2.9999999999999997e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  54.92 
 
 		 338 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  58.47 
 
 		 316 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  56.11 
 
 		 334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  51.98 
 
 		 334 aa  318  7e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 338 aa  318  9e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  55.78 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  55.31 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  54.92 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 338 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 338 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 338 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  55.63 
 
 		 338 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  56.44 
 
 		 338 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  54.6 
 
 		 338 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  53.55 
 
 		 338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  58.47 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  52.41 
 
 		 337 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  52.58 
 
 		 339 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  57.1 
 
 		 317 aa  309  4e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  55 
 
 		 339 aa  309  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  52.41 
 
 		 341 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  52.41 
 
 		 341 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  50.77 
 
 		 335 aa  308  8e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  50.77 
 
 		 339 aa  308  8e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  52.81 
 
 		 333 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  51.94 
 
 		 339 aa  292  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  53 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  53.33 
 
 		 336 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 315 aa  216  5e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  43.86 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  41.23 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  41.23 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  41.23 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  43.86 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  40.91 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 		 311 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 		 311 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  40.91 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  40.91 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  42.65 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  40.92 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  39.41 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  43.77 
 
 		 316 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  38.98 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  41.16 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  41.64 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  36.9 
 
 		 350 aa  192  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 331 aa  192  7e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  38.75 
 
 		 331 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  40.98 
 
 		 325 aa  192  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  36.96 
 
 		 320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  40.45 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  36.47 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  36.47 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  36.47 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  39.3 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0156  sugar ABC transporter permease  39.24 
 
 		 326 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000155105 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0814  sugar ABC transporter, permease protein  38.72 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0814  monosaccharide-transporting ATPase  38.72 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  38.2 
 
 		 348 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.8 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  39.36 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  37.27 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  36.62 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  35.56 
 
 		 327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>