More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3962 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 		 334 aa  642    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  92.26 
 
 		 338 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  87.05 
 
 		 339 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  86.79 
 
 		 341 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  86.79 
 
 		 341 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  86.49 
 
 		 337 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  85.54 
 
 		 339 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  85.54 
 
 		 335 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  88.32 
 
 		 336 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  87.16 
 
 		 339 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  91.53 
 
 		 339 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  87.43 
 
 		 336 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  65 
 
 		 333 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  53.05 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  52.74 
 
 		 335 aa  328  6e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  55.56 
 
 		 335 aa  325  5e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  53.55 
 
 		 327 aa  320  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000358536 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  51.98 
 
 		 328 aa  318  7e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  56.66 
 
 		 315 aa  317  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  52.31 
 
 		 349 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  52 
 
 		 349 aa  316  3e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  52.31 
 
 		 349 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  51.67 
 
 		 328 aa  316  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  52.92 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  53.8 
 
 		 316 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  49.68 
 
 		 338 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  53.55 
 
 		 326 aa  306  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  51.75 
 
 		 338 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  0.00000000000485021 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  51.45 
 
 		 338 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  52.9 
 
 		 329 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  52.9 
 
 		 329 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  52.9 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  52.9 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  52.62 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  54.46 
 
 		 316 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  48.16 
 
 		 338 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  48.16 
 
 		 338 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  54.49 
 
 		 317 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  53.38 
 
 		 334 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  48.31 
 
 		 329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  47.38 
 
 		 329 aa  278  6e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  50.17 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  39.24 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  37.83 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  37.14 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  38 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.13 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1057  L-arabinose transport system permease protein AraH  84.3 
 
 		 125 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  35.81 
 
 		 311 aa  190  4e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0846  putative arabinose ABC transporter, permease protein  83.47 
 
 		 125 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1142  L-arabinose transport system permease protein AraH  84.3 
 
 		 125 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  35.48 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  35.48 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  35.81 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  35.48 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  35.48 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  35.16 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  35.16 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  34.49 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  34.18 
 
 		 310 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  34.49 
 
 		 835 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 336 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  36.05 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  32.65 
 
 		 334 aa  179  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  32.65 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  32.65 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  35.16 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  34.08 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  34.04 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  34.57 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  34.04 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  33.82 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  35.37 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2302  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 327 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0887388 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  34.84 
 
 		 327 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>