299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4505 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0062  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2813 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0008  23S ribosomal RNA  88.82 
 
 		 2669 bp  2165    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0026  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 2640 bp  1818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395228  hitchhiker  0.00289875 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0054  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 2640 bp  1818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.345007  normal  0.439906 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0009  23S ribosomal RNA  93.25 
 
 		 2830 bp  1092    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0024  23S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 2740 bp  2064    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335638 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0057  23S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 2640 bp  3485    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0057  23S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 2605 bp  2993    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0074  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 2640 bp  1818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0479201  decreased coverage  0.0000252846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0028  23S ribosomal RNA  84.72 
 
 		 2620 bp  1610    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0043  23S ribosomal RNA  84.72 
 
 		 2620 bp  1610    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.980916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1018  23S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 2931 bp  2977    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  91.97 
 
 		 2908 bp  2985    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  91.97 
 
 		 2908 bp  2985    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  91.97 
 
 		 2809 bp  2985    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6009  23SrRNA  87.75 
 
 		 2916 bp  1112    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.597843 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0021  23S ribosomal RNA  93.25 
 
 		 2830 bp  1092    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6016  23SrRNA  87.75 
 
 		 2917 bp  1112    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0010  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2825 bp  1798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.654352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0018  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2825 bp  1798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0025  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2825 bp  1798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0031  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2825 bp  1798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.165517  normal  0.805884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0007  23S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 2624 bp  1792    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0048  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2813 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.124002 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0016  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 2640 bp  1818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.406771  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2829 bp  1846    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1790  23S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 2931 bp  2977    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0829238  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1582  23S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 2931 bp  2977    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0019  23S ribosomal RNA  86.95 
 
 		 2868 bp  1857    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.436583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0033  23S ribosomal RNA  86.95 
 
 		 2868 bp  1857    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.391428  normal  0.974298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0026  23S ribosomal RNA  86.95 
 
 		 2868 bp  1857    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0050  23S ribosomal RNA  88.82 
 
 		 2818 bp  2165    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.502675  normal  0.618699 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0060  23S ribosomal RNA  88.87 
 
 		 2669 bp  2173    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.531271  normal  0.371135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0010  23S ribosomal RNA  86.91 
 
 		 2872 bp  1853    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.359292  normal  0.478358 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2883 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2883 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2882 bp  1019    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0047  23S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 2640 bp  3485    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0038  23S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 2640 bp  3485    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0031  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2813 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459196  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0073  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2813 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.864487  normal  0.796617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  88.47 
 
 		 2758 bp  938    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  88.47 
 
 		 2758 bp  938    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  88.47 
 
 		 2758 bp  938    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  88.47 
 
 		 2758 bp  938    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  87.2 
 
 		 2830 bp  1921    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2783 bp  1659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2783 bp  1659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2783 bp  1659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0976  23S ribosomal RNA  86.63 
 
 		 2772 bp  682    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  87.46 
 
 		 3384 bp  1118    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0021  23S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 2605 bp  2993    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0069  23S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 2605 bp  2993    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  86.29 
 
 		 2847 bp  1899    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  90.4 
 
 		 2847 bp  1086    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0066  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2918 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.349554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0051  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2921 bp  1059    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0066  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2921 bp  1059    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0058  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2921 bp  1059    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0039  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2921 bp  1059    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.409149 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0060  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2918 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0053  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2918 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0041  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 2640 bp  1818    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 2832 bp  1974    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 2832 bp  1974    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2863 bp  1842    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2844 bp  1076    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2844 bp  1076    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2844 bp  1076    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2844 bp  1076    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2844 bp  1076    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 2784 bp  1584    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  90.75 
 
 		 2875 bp  2748    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  90.75 
 
 		 2875 bp  2748    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S2  23S ribosomal RNA  90.3 
 
 		 2859 bp  1065    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143049  normal  0.544061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S1  23S ribosomal RNA  90.3 
 
 		 2859 bp  1065    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0008  23S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 2847 bp  654    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237981  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0261  23S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 2820 bp  2627    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0013  23S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 2605 bp  2993    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0005  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2918 bp  1035    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1083  23S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 2820 bp  2627    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.494767  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0039  23S ribosomal RNA  87 
 
 		 2868 bp  1865    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0440125 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  88.25 
 
 		 2736 bp  950    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r2  23S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 2818 bp  1084    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00999234  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0040  23S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 2843 bp  1084    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.702557  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 2747 bp  1836    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 2747 bp  1836    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0077  23S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 2640 bp  1865    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0045  23S ribosomal RNA  88.25 
 
 		 2736 bp  950    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.351747  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0035  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2814 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0109668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0018  23S ribosomal RNA  89.27 
 
 		 2813 bp  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.597901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0004  23S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 2624 bp  1792    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0039  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2825 bp  1798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00438131 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 2774 bp  731    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 2774 bp  731    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 2774 bp  731    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0024  23S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 2847 bp  654    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00320172  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0053  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 2826 bp  1992    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0046  23S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 2827 bp  1978    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0005  23S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 2843 bp  1084    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>