4955 genes were found for organism Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 50    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
SbBS512_E0001  CDS  NC_010658  190  255  +  66  thr operon leader peptide  YP_001878822  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0002  CDS  NC_010658  336  2798  +  2463  bifunctional aspartokinase I/homeserine dehydrogenase I  YP_001878823  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0003  CDS  NC_010658  2800  3732  +  933  homoserine kinase  YP_001878824  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0004  CDS  NC_010658  3733  5019  +  1287  threonine synthase  YP_001878825  normal  0.412725  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0005    NC_010658  5309  5719  -  411      normal  0.820621  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0006  CDS  NC_010658  5682  6458  -  777  hypothetical protein  YP_001878826  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0007  CDS  NC_010658  6528  7958  -  1431  amino acid carrier protein  YP_001878827  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0008  CDS  NC_010658  8237  9190  +  954  transaldolase B  YP_001878828  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0009  CDS  NC_010658  9305  9892  +  588  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_001878829  normal  0.847913  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0010  CDS  NC_010658  9927  10493  -  567  hypothetical protein  YP_001878830  normal  0.728204  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0011  CDS  NC_010658  10642  11355  -  714  hypothetical protein  YP_001878831  normal  0.45065  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0012  CDS  NC_010658  11381  11560  -  180  hypothetical protein  YP_001878832  normal  0.143731  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0013  CDS  NC_010658  11545  12450  -  906  insertion element IS2 transposase InsD  YP_001878833  normal  0.348241  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0014  CDS  NC_010658  12916  13419  -  504  IS1 transposase orfB  YP_001878834  normal  0.0676781  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0015  CDS  NC_010658  13430  13621  -  192  IS1 transposase orfA  YP_001878835  normal  0.0149145  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0016  CDS  NC_010658  13647  13853  -  207  hypothetical protein  YP_001878836  hitchhiker  0.00570243  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0017  CDS  NC_010658  14275  16191  +  1917  molecular chaperone DnaK  YP_001878837  hitchhiker  0.00276008  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0018  CDS  NC_010658  16280  17410  +  1131  chaperone protein DnaJ  YP_001878838  normal  0.129066  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0019  CDS  NC_010658  18252  19418  +  1167  pH-dependent sodium/proton antiporter  YP_001878839  normal  0.046286  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0020  CDS  NC_010658  19484  20383  +  900  transcriptional activator NhaR  YP_001878840  normal  0.0536334  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0021  CDS  NC_010658  20881  21069  -  189  transposase  YP_001878841  hitchhiker  0.000472471  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0022  CDS  NC_010658  21144  21332  +  189  IS1 ORF2  YP_001878842  hitchhiker  0.000485611  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0023  CDS  NC_010658  21336  22928  -  1593  IS66 family element, transposase  YP_001878843  hitchhiker  0.0000433754  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0024  CDS  NC_010658  22950  23294  +  345  hypothetical protein  YP_001878844  hitchhiker  0.00000000124843  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0025  CDS  NC_010658  23306  23725  -  420  transposase family  YP_001878845  hitchhiker  0.00000000000603896  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0026  CDS  NC_010658  23868  24161  +  294  IS1 OrfB  YP_001878846  decreased coverage  0.00000000000000122781  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0027  CDS  NC_010658  24395  24658  -  264  30S ribosomal protein S20  YP_001878847  hitchhiker  0.000000000000024189  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0028  CDS  NC_010658  24761  24979  +  219  hypothetical protein  YP_001878848  hitchhiker  0.0000000000230015  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0029  CDS  NC_010658  24987  25928  +  942  bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase  YP_001878849  hitchhiker  0.000000000742889  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0030  CDS  NC_010658  25971  28787  +  2817  isoleucyl-tRNA synthetase  YP_001878850  hitchhiker  0.000755713  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0031  CDS  NC_010658  28787  29281  +  495  lipoprotein signal peptidase  YP_001878851  normal  0.112205  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0032  CDS  NC_010658  29350  29799  +  450  FKBP-type 16 kDa peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001878852  normal  0.174585  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0033  CDS  NC_010658  29801  30751  +  951  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  YP_001878853  normal  0.475447  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0034  CDS  NC_010658  30817  31731  +  915  ribonucleoside hydrolase RihC  YP_001878854  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0035  CDS  NC_010658  31898  32719  +  822  dihydrodipicolinate reductase  YP_001878855  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0036  CDS  NC_010658  33175  34323  +  1149  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_001878856  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0037  CDS  NC_010658  34341  37562  +  3222  carbamoyl phosphate synthase large subunit  YP_001878857  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0038  CDS  NC_010658  37683  38186  -  504  IS1 transposase orfB  YP_001878858  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0039    NC_010658  38261  39559  +  1299      normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0040  CDS  NC_010658  39787  40317  +  531  glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF  YP_001878859  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0041  CDS  NC_010658  40310  42172  +  1863  glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC  YP_001878860  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0042  CDS  NC_010658  42364  42843  +  480  dihydrofolate reductase  YP_001878861  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0043  CDS  NC_010658  42921  43763  -  843  diadenosine tetraphosphatase  YP_001878862  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0044  CDS  NC_010658  43770  44147  -  378  ApaG  YP_001878863  normal  0.271562  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0045  CDS  NC_010658  44150  44971  -  822  dimethyladenosine transferase  YP_001878864  normal  0.0201107  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0046  CDS  NC_010658  44968  45957  -  990  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  YP_001878865  hitchhiker  0.000266166  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0047  CDS  NC_010658  45957  47243  -  1287  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  YP_001878866  hitchhiker  0.00000013551  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0048  CDS  NC_010658  47296  49650  -  2355  organic solvent tolerance protein  YP_001878867  unclonable  0.00000000000576585  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0049  CDS  NC_010658  49905  50720  +  816  Dna-J like membrane chaperone protein  YP_001878868  hitchhiker  0.0000000000000477601  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0050  CDS  NC_010658  50837  51496  -  660  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  YP_001878869  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0051  CDS  NC_010658  51508  54414  -  2907  ATP-dependent helicase HepA  YP_001878870  hitchhiker  0.00000808065  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0052  CDS  NC_010658  54578  56929  -  2352  DNA polymerase II  YP_001878871  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0053  CDS  NC_010658  57004  57699  -  696  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  YP_001878872  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0054  CDS  NC_010658  57899  59401  -  1503  L-arabinose isomerase  YP_001878873  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0055  CDS  NC_010658  59412  61112  -  1701  ribulokinase  YP_001878874  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0056  CDS  NC_010658  61451  62329  +  879  DNA-binding transcriptional regulator AraC  YP_001878875  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0057  CDS  NC_010658  62415  63179  +  765  hypothetical protein  YP_001878876  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0058  CDS  NC_010658  63293  63991  -  699  thiamine transporter ATP-binding subunit  YP_001878877  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0059  CDS  NC_010658  63975  65585  -  1611  thiamine transporter membrane protein  YP_001878878  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0060  CDS  NC_010658  65561  66544  -  984  thiamine transporter substrate binding subunit  YP_001878879  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0061  CDS  NC_010658  66588  66707  -  120  putative lipoprotein  YP_001878880  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0062  CDS  NC_010658  66708  68363  -  1656  transcriptional regulator SgrR  YP_001878881  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0064  CDS  NC_010658  68685  69767  +  1083  sugar efflux transporter A  YP_001878882  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0065  CDS  NC_010658  69816  70421  -  606  isopropylmalate isomerase small subunit  YP_001878883  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0066  CDS  NC_010658  70432  71832  -  1401  isopropylmalate isomerase large subunit  YP_001878884  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0067  CDS  NC_010658  71835  72926  -  1092  3-isopropylmalate dehydrogenase  YP_001878885  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0068  CDS  NC_010658  72926  74497  -  1572  2-isopropylmalate synthase  YP_001878886  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0069  CDS  NC_010658  75337  76281  +  945  leucine transcriptional activator  YP_001878887  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0070  CDS  NC_010658  76414  76539  +  126  hypothetical protein  YP_001878888  normal  0.859272  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0071    NC_010658  76599  78323  +  1725      normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0072  CDS  NC_010658  78326  78817  +  492  acetolactate synthase 3 regulatory subunit  YP_001878889  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0073  CDS  NC_010658  78997  80001  +  1005  DNA-binding transcriptional regulator FruR  YP_001878890  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0074  CDS  NC_010658  80603  81061  +  459  cell division protein MraZ  YP_001878891  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0075  CDS  NC_010658  81063  82004  +  942  S-adenosyl-methyltransferase MraW  YP_001878892  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0076  CDS  NC_010658  82001  82366  +  366  cell division protein FtsL  YP_001878893  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0077  CDS  NC_010658  82382  84148  +  1767  peptidoglycan synthetase FtsI  YP_001878894  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0078  CDS  NC_010658  84135  85622  +  1488  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  YP_001878895  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0079  CDS  NC_010658  85619  86977  +  1359  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  YP_001878896  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0080  CDS  NC_010658  86971  88053  +  1083  phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase  YP_001878897  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0081  CDS  NC_010658  88056  89372  +  1317  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  YP_001878898  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0082  CDS  NC_010658  89372  90616  +  1245  cell division protein FtsW  YP_001878899  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0083  CDS  NC_010658  90613  91680  +  1068  undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N- acetylglucosaminyltransferase  YP_001878900  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0084  CDS  NC_010658  91734  93209  +  1476  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  YP_001878901  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0085  CDS  NC_010658  93202  94122  +  921  D-alanine--D-alanine ligase  YP_001878902  normal  0.34447  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0086  CDS  NC_010658  94124  94954  +  831  cell division protein FtsQ  YP_001878903  hitchhiker  0.000154826  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0087  CDS  NC_010658  94951  96213  +  1263  cell division protein FtsA  YP_001878904  hitchhiker  0.000000000000920666  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0088  CDS  NC_010658  96274  97425  +  1152  cell division protein FtsZ  YP_001878905  hitchhiker  0.000000000000379659  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0089  CDS  NC_010658  98415  98600  -  186  hypothetical protein  YP_001878907  hitchhiker  0.0000000000000498719  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0090  CDS  NC_010658  97526  98443  +  918  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_001878906  unclonable  0.00000000000000347236  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0091  CDS  NC_010658  98599  99186  +  588  SecA regulator SecM  YP_001878908  hitchhiker  0.00000000000360743  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0092  CDS  NC_010658  99248  101953  +  2706  preprotein translocase subunit SecA  YP_001878909  hitchhiker  0.00000405239  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0093  CDS  NC_010658  102013  102402  +  390  nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  YP_001878910  hitchhiker  0.00000000316081  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0094  CDS  NC_010658  102509  102706  -  198  zinc-binding protein  YP_001878911  hitchhiker  0.000000000295925  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0095  CDS  NC_010658  102716  103459  -  744  hypothetical protein  YP_001878912  hitchhiker  0.0000000000780213  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0096  CDS  NC_010658  103459  104079  -  621  dephospho-CoA kinase  YP_001878913  hitchhiker  0.000000000299914  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0097  CDS  NC_010658  104304  105347  +  1044  guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase  YP_001878914  hitchhiker  0.0000247841  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0098  CDS  NC_010658  105382  106584  -  1203  type IV pilin biogenesis protein  YP_001878915  hitchhiker  0.00354832  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0099    NC_010658  106574  107948  -  1375      normal  0.0973608  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0100    NC_010658  107958  109175  -  1218      normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
SbBS512_E0101  CDS  NC_010658  108468  108971  +  504  IS1 transposase orfB  YP_001878916  normal  1  n/a    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 50    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>