56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1860 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  100 
 
 		 432 aa  882    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  22.51 
 
 		 560 aa  80.1  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  24.34 
 
 		 546 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  25.1 
 
 		 549 aa  77  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  24.12 
 
 		 449 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  25 
 
 		 553 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  23.4 
 
 		 555 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  29.03 
 
 		 551 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  25.81 
 
 		 540 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 534 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  30 
 
 		 533 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  21.89 
 
 		 537 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  29.09 
 
 		 533 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  20.79 
 
 		 549 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  30.91 
 
 		 535 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  23.4 
 
 		 547 aa  60.1  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  30.84 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  30 
 
 		 535 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  30 
 
 		 535 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  30 
 
 		 535 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  28.15 
 
 		 535 aa  57.4  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  21.9 
 
 		 561 aa  57.4  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  26.19 
 
 		 546 aa  55.1  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  28.81 
 
 		 421 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  23.33 
 
 		 539 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  20.3 
 
 		 572 aa  51.2  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  25 
 
 		 533 aa  49.3  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  24.32 
 
 		 416 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  23.88 
 
 		 576 aa  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  24.26 
 
 		 233 aa  47.8  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0751  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.2 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.664159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  23.37 
 
 		 218 aa  46.2  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  26.83 
 
 		 238 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0987  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.62 
 
 		 489 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 471 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  24.81 
 
 		 237 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02259  two-component sensor histidine kinase  29.46 
 
 		 123 aa  44.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  24.81 
 
 		 237 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  24.81 
 
 		 237 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  27.64 
 
 		 238 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  25 
 
 		 446 aa  44.3  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  29.2 
 
 		 220 aa  44.3  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.77 
 
 		 738 aa  43.5  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65860  putative two-component sensor  23.73 
 
 		 770 aa  43.9  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.407883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29000  sigma54-dependent response regulator, two-component  26.67 
 
 		 472 aa  43.9  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.99042  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5854  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.91 
 
 		 466 aa  43.9  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  26.83 
 
 		 238 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  25 
 
 		 237 aa  43.9  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0680  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 418 aa  43.5  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.736075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.17 
 
 		 459 aa  43.5  0.008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 450 aa  43.5  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 444 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4096  histidine kinase  24.8 
 
 		 604 aa  43.1  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000005496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1401  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.52 
 
 		 444 aa  43.1  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1394  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 450 aa  43.1  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.205793  normal  0.0550645 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>