55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1946 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 224 aa  454  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  44.33 
 
 		 218 aa  158  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.05 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.46 
 
 		 222 aa  145  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.36 
 
 		 222 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.5 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.93 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  38.5 
 
 		 230 aa  138  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  40.72 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.18 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  40.47 
 
 		 219 aa  135  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.18 
 
 		 221 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.18 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.31 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.9 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.18 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.87 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.61 
 
 		 227 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  38.14 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  39.69 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 214 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  38 
 
 		 235 aa  124  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.76 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.15 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.21 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.2 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.95 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.82 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.05 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  39.33 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  35.68 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.49 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.24 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  40 
 
 		 192 aa  98.2  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  37.62 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  36.59 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  33.49 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  32 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.86 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  37.59 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.35 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.91 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  30.25 
 
 		 132 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  34.85 
 
 		 114 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 125 aa  46.2  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.66 
 
 		 249 aa  45.8  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.19 
 
 		 246 aa  44.3  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  37.93 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.59 
 
 		 262 aa  43.5  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  37.29 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 231 aa  42  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.57 
 
 		 136 aa  42  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.39 
 
 		 228 aa  41.6  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>