295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0051 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0074  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2045  tRNA-Met  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0056  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2041  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000147998  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1469  tRNA-His  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-His-1  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1762  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2136  tRNA-His  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00922633  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2211  tRNA-His  96.55 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1684  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.592978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0451  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000861807  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3568  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0990712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3771  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000362493  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1988  tRNA-OTHER  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000295907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00102646  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1338  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000192753  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000169061  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0003  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000281638  normal  0.804824 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0019  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.47791e-17  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0028  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.79359e-16  unclonable  0.0000000519996 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0040  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000373328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0016  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000072024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0026  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000721993  normal  0.861053 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0074  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000283868  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0002  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000230131  normal  0.891298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0013  tRNA-Ile  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.059772  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2046  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000148192  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1097  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000222375  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2897  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000182734  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3094  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000516421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3542  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000176081  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0039  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000372994  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0592  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000232315  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0008  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000162248  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0018  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000054904  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0066  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000013609  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0083  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000284492  normal  0.0190641 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0089  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000671858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0008  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000320674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0017  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000962066  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0064  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000178729  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0080  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000338502  normal  0.0447756 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0083  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00594726  hitchhiker  0.00848998 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1329  tRNA-Ile  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00168049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>