55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0564 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  100 
 
 		 281 aa  590  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0918  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  58.16 
 
 		 278 aa  335  5.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.222213  normal  0.890143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  45.79 
 
 		 282 aa  248  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  45.98 
 
 		 285 aa  239  5e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  45.69 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  42.91 
 
 		 286 aa  231  8.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  42.91 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  44.11 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  36.52 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1908  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  32.23 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000720789  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  34.6 
 
 		 239 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  31.54 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.57 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.57 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2804  diheme cytochrome c  32.28 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.244051 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1154  putative cytochrome c  32.34 
 
 		 261 aa  96.7  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.689886  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  29.78 
 
 		 274 aa  92  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  30.52 
 
 		 268 aa  92  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  29.57 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  27.66 
 
 		 290 aa  90.1  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  31.76 
 
 		 271 aa  90.5  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  32.62 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  32.03 
 
 		 273 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  31.82 
 
 		 273 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3256  hypothetical protein  30.13 
 
 		 270 aa  86.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3915  secreted protein-like protein  26.38 
 
 		 285 aa  85.9  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.536069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7671  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  31.03 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  29.52 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  31.9 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0805  hypothetical protein  29.61 
 
 		 270 aa  82.4  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  27.18 
 
 		 280 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  29.86 
 
 		 277 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1670  hypothetical protein  30.45 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.82 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  32.37 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2281  hypothetical protein  30.18 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.870849  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  28.38 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  25.96 
 
 		 256 aa  68.2  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0857  hypothetical protein  28.85 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798826  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1594  hypothetical protein  29.55 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0731663  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  26.32 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6959  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  28.81 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  23.89 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  26.4 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  28.38 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2627  hypothetical protein  26.03 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  29.69 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  24.59 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  28.64 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  28.06 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  24.69 
 
 		 271 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  24.46 
 
 		 484 aa  46.2  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  32.89 
 
 		 329 aa  43.9  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  28.09 
 
 		 282 aa  42.7  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  34.44 
 
 		 331 aa  42.4  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>