53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3126 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  564  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  98.9 
 
 		 273 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3256  hypothetical protein  85.4 
 
 		 270 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  76.11 
 
 		 275 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  75.3 
 
 		 291 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1594  hypothetical protein  63.82 
 
 		 271 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0731663  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2281  hypothetical protein  63.41 
 
 		 271 aa  320  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.870849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1670  hypothetical protein  63.01 
 
 		 271 aa  319  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  53.48 
 
 		 271 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0805  hypothetical protein  53.65 
 
 		 270 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  52.38 
 
 		 271 aa  299  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  54.66 
 
 		 269 aa  285  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  55.12 
 
 		 269 aa  284  9e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2627  hypothetical protein  52.19 
 
 		 271 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  50.19 
 
 		 272 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  48.69 
 
 		 273 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  50.2 
 
 		 276 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  48.64 
 
 		 272 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0857  hypothetical protein  47.24 
 
 		 271 aa  244  9e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798826  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  42.62 
 
 		 280 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  39.35 
 
 		 284 aa  185  6e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  42.17 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  37.23 
 
 		 263 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  34.75 
 
 		 259 aa  148  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  34.36 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  38.64 
 
 		 265 aa  143  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1908  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.52 
 
 		 301 aa  98.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000720789  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  26.24 
 
 		 268 aa  97.8  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  29.22 
 
 		 261 aa  88.6  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2804  diheme cytochrome c  26.52 
 
 		 284 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.244051 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  32.03 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  28.73 
 
 		 256 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  25.88 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1154  putative cytochrome c  26.57 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.689886  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.02 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7671  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  28.51 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  27.55 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  27.55 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  29.33 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  27.69 
 
 		 288 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  28.57 
 
 		 258 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3915  secreted protein-like protein  25.45 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.536069 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  29.67 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.33 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  28.05 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  26.15 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6959  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  29.06 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0918  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.17 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.222213  normal  0.890143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  23.48 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  28.34 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  26.36 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  24.87 
 
 		 484 aa  44.7  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 327 aa  42.7  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>