More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3214 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
268 aa  536  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.620459  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.8 
 
 
277 aa  384  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.390959 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
277 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.9 
 
 
273 aa  359  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0449998  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.9 
 
 
273 aa  359  3e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.67 
 
 
282 aa  348  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.91 
 
 
273 aa  343  1e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.441003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
274 aa  228  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.51 
 
 
275 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
295 aa  201  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
295 aa  195  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  42.8 
 
 
273 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  39.85 
 
 
272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0842  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
299 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
299 aa  178  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0320  monosaccharide-transporting ATPase  40.45 
 
 
701 aa  169  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
295 aa  167  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
284 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  40 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
280 aa  166  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00258755  normal  0.655339 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  39.09 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
406 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0947722  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
722 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0626826  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  34.25 
 
 
269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0338  monosaccharide-transporting ATPase  40.45 
 
 
701 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 
277 aa  161  9e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0175  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.43 
 
 
278 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.419307  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
268 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
286 aa  159  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
278 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519096  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 
275 aa  158  8e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
268 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
297 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
743 aa  155  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.445152  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
296 aa  155  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.982521  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
299 aa  155  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
278 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.328694 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.85 
 
 
304 aa  154  1e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
298 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
299 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
390 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
332 aa  152  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.766568  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
273 aa  151  8.999999999999999e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.11 
 
 
295 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
297 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.714989  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
277 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
275 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  37.39 
 
 
281 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
311 aa  149  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
289 aa  148  8e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
272 aa  148  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
270 aa  148  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0631  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  31.5 
 
 
273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1550  MalG-type ABC sugar transport system permease component  34.53 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0699  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.5 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0479  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  31.5 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0481  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  31.5 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  34.75 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000188602  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0624  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.5 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0605  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.1 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0537  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  31.5 
 
 
273 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0568  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  31.5 
 
 
273 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.03 
 
 
272 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00114182  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4734  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.1 
 
 
273 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.43 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0553602  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  36.2 
 
 
271 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
270 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
274 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
306 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.250656  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
271 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3104  ABC transporter, permease component  31.76 
 
 
292 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1458  ABC-type sugar transport system, permease component  33.07 
 
 
276 aa  143  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7591  ABC transporter membrane spanning protein  32.73 
 
 
275 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 
300 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.150269  normal  0.306181 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
275 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
295 aa  142  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
271 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.62 
 
 
291 aa  142  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12849  sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane protein ABC transporter ugpE  29.03 
 
 
275 aa  142  8e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144305  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.7 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3552  hypothetical protein  33.64 
 
 
270 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60541  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
297 aa  139  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
298 aa  140  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
310 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>