151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0047 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0022  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0075  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000000858856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0013  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619108  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0033  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0045  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.760301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0037  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000315288  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN01580  tRNA-Cys  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t42  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000750468  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>