101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_03610 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0028  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.730182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0011  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000243193  normal  0.203474 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0050  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000112052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0058  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08220  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.825752 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0033  tRNA-Thr  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.190233  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>