32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2760 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2760  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 392 aa  814    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258861  normal  0.160346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1879  TPR repeat-containing protein  57.54 
 
 		 388 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1794  TPR repeat-containing protein  48.97 
 
 		 416 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1815  TPR repeat-containing protein  42.12 
 
 		 380 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1445  hypothetical protein  37.18 
 
 		 386 aa  272  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000257118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4983  TPR domain-containing protein  33.09 
 
 		 278 aa  150  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3647  Tetratricopeptide domain protein  28.43 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000857085  hitchhiker  0.00481631 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0800  TPR repeat-containing protein  28.43 
 
 		 397 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.014788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3359  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 395 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.811599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3705  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 397 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000033956  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0594  TPR repeat-containing protein  27.58 
 
 		 395 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.212365  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0757  TPR domain-containing protein  29.04 
 
 		 395 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3829  TPR repeat-containing protein  28.43 
 
 		 397 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3529  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0836  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 		 403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0293971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0936  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 		 388 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0983  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 402 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.145285 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0849  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 393 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00820886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0626  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 		 406 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.13673  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0653  TPR domain-containing protein  27.3 
 
 		 386 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2902  tetratricopeptide TPR_2  25.74 
 
 		 376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.449948  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2703  TPR domain-containing protein  24.73 
 
 		 394 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00726  TPR domain protein  22.25 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0530  tetratricopeptide TPR_2  23.37 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2935  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.8 
 
 		 383 aa  90.1  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2168  hypothetical protein  22.92 
 
 		 399 aa  62.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4120  TPR repeat-containing protein  24.69 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.132007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  28.29 
 
 		 253 aa  47.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.98 
 
 		 689 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  25.13 
 
 		 837 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 718 aa  44.3  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0600  TPR repeat-containing protein  29.85 
 
 		 1112 aa  43.9  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.272318  normal  0.386774 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>